До социальной гармонии в Венгрии, тем не менее, было далеко и после изгнания турок. Централизаторские усилия Габсбургов сопровождались рядом враждебных шагов по отношению к местной шляхте, особенно протестантской. Землями награждались в первую очередь лояльные Габсбургам магнатские роды. Впервые в истории габсбургского правления в Венгрии правительством были приняты меры по германизации местного населения. В документах земельной комиссии, занимавшейся вопросами обустройства венгерских земель после освобождения, прямо значилось: «Венгерскую кровь, дающую людям склонность к беспорядкам и мятежам, необходимо смешать с кровью немецкой так, чтобы была обеспечена любовь и доверие [народа] к наследственному монарху». Все это создавало предпосылки для массового недовольства, которое позднее вылилось в мощнейшее восстание под руководством Ференца Ракоци.
Политика правительства Леопольда I в Трансильвании была более гибкой. В этом княжестве жили несколько народов — валахи (предки нынешних румын), венгры, сикулы (южная ветвь мадьярского этноса) и немцы (саксонцы), перебравшиеся сюда во времена позднего средневековья. Жители Трансильвании принадлежали к четырем вероисповеданиям — римско-католическому, реформатскому, православному и униатскому (грекокатолическому). Здесь царила удивительная религиозная и этническая терпимость. Diploma Leopoldina (1691) в основном сохранила существующее национально-религиозное многообразие. Княжеский титул стал наследственным в роду Габсбургов, но на основы местной автономии Габсбурги до поры до времени не покушались: продолжало действовать трансильванское правительство — gubemium, которое состояло из президентам 12 советников, представлявших различные национальные и религиозные общины (правда, румынское большинство оставалось почти бесправным в политическом отношении). В сейме княжества были представлены делегаты от местных венгров, немцев и сикулов, а также лица, назначенные короной. Полномочия трансильванских властей оставались довольно обширными и были ограничены лишь при Марии Терезии, в 1754 г. Очевидно, подобный либерализм был обусловлен тем, что турецкая угроза еще сохранялась и Габсбурги не хотели восстановить против себя население самой восточной из своих земель.
В 90-е гг. темпы наступления габсбургских войск против турок замедлились. С одной стороны, Османская империя немного пришла в себя, с другой — силы императора были подорваны недостатком денежных средств, которые пожирала другая война — с Францией на западе. Решающим событием, заставившим турок пойти на мир, стала блестящая победа принца Евгения Савойского 11 сентября 1697 г. у Зенты. Соотношение потерь сторон в этом сражении кажется совершенно неправдоподобным: турки потеряли убитыми около 25 тыс., императорская же армия — всего 430 солдат и офицеров! На самом деле ничего удивительного здесь нет, ибо войска принца Евгения заняли выгодную позицию и вдобавок располагали гораздо лучшим (и в большем количестве) стрелковым оружием и артиллерией.