В 518 г. до н. э. в Египет прибыл новый персидский царь Дарий I. Он пользовался редким расположением со стороны египтян, которые считали его не только истинным фараоном, но и одним из великих законодателей Египта. Один из папирусов действительно сообщает о сделанной при нем записи египетских законов. Дарий I много строил в египетских храмах и восстановил канал между Нилом и Красным морем, прорытый еще при Нехо П. В царствование Дария определилась структура персидской администрации в Египте: она возглавлялась сатрапом (с резиденцией в Мемфисе), которому подчинялись чиновники в отдельных номах. В важнейших пунктах Египта (Мемфисе, Дафнах, Элефантине) были размещены ахеменидские воинские контингенты; особой преданностью персидскому царю отличались наемники-евреи. В то же время важную роль в администрации играли египтяне, занимавшие ряд высших должностей (например, Уджагорреснет). Египет считался одной из самых богатых сатрапий Ахеменидов, вместе с Ливией, Баркой и Киреной платившей ежегодную дань в размере 700 талантов (более 20 т) серебра.
При Камбисе и Дарии I Египет был второй после Вавилонии страной, власть персидского царя над которой была облечена в форму принятия местного царского титула, т. е., в современных понятиях, личной унии. Оно изменилось при преемнике Дария Ксерксе, в начале правления которого в 486–484 гг. до н. э. в Египте из-за увеличения налогов и угона ремесленников в Персию вспыхнуло восстание. После его подавления Ксеркс не принял статуса фараона, тем самым упразднив «личную унию» с Египтом, и политика по отношению к этой стране стала более жесткой. С этого времени Египет стремится освободиться от власти Ахеменидов. В 460 г. до н. э. в дельте Нила начинается восстание Инара, которое получило поддержку воевавших с персами Афин, но все же к 454 г. до н. э. окончилось неудачей. Похоже, что отряды Инара продержались в топях западной дельты до 404 г. до н. э., когда правитель Саиса Амиртей (возможно, потомок Инара) возглавил новое восстание и изгнал персов.
Амиртей (404–398 гг. до н. э.) считается единственным правителем XXVIII саисской династии. Вскоре он был низложен и казнен, а к власти пришла XXIX династия из г. Мендес в центральной дельте Нила (398–380 гг. до н. э.). Ее первые цари сменялись у власти довольно быстро; лишь фараон Акорис правил около 13 лет (393–380 гг. до н. э.), стремясь упрочить царскую власть и создать систему выгодных для поддержания независимости Египта союзов. Вскоре после его смерти в результате переворота к власти пришел уроженец соседнего с Мендесом г. Севеннита Нектанеб I (380–363 гг. до н. э.), основавший XXX династию. При нем Египет успешно отразил персидское вторжение в 373 г. до н. э., но в дальнейшем не рисковал полагаться только на собственные силы и вступил в союз с греческими государствами – Афинами и Спартой. Воспользоваться благоприятной ситуацией и перейти при греческой поддержке в наступление против персов в Сирии и Палестине попытался фараон Тахос (363–361 гг. до н. э.), который по совету афинского военачальника Хабрия ввел чрезвычайные налоги и отчисления с храмовых доходов на военные нужды. Эта необходимая, но ущемлявшая интересы элиты мера вызвала, несмотря на военные успехи Тахоса, недовольство им, и в результате военного мятежа на египетский престол взошел племянник царя Нектанеб II (361–343 гг. до н. э.).