Но С.В. Кокореву нарком Луначарский отказал категорически в его просьбе. Впрочем, буквально через месяц на Малую Никитскую приехал автомобиль, и двое сотрудников центрального аппарата ВЧК в прямом смысле этого слова арестовали С.В. Кокорева по обвинению в участии в контрреволюционном заговоре. На Лубянке Кокореву предложили ни много ни мало стать содержателем конспиративной квартиры на Старой Басманной, дом 24, выполняя, по легенде, роль участника МОЦР, одного из соратников А.А. Якушева.
В дальнейшем эта операция ИНО ВЧК получила условное наименование «Трест». Основным действующим лицом всей оперативной игры, осуществлявшейся под руководством Ф.Э. Дзержинского и В.Р. Менжинского, был перевербованный органами госбезопасности А.А. Якушев, выступавший в роли фактического руководителя МОЦР. Таким образом, бывший купец второй гильдии, миллионер, владелец элитной недвижимости, в том числе дворца в Мухалатке, С.В. Кокорев стал поневоле агентом-осведомителем ВЧК/ОГПУ, в надежде получить политическую индульгенцию от властей, сохранить жизнь себе и своим близким. Умер Сергей Васильевич Кокорев 24 февраля 1932 года после тяжелой болезни, в состоянии гипогликемической комы (на почве нервных потрясений он в начале 20-х годов заболел диабетом), от остановки сердца. Похоронен на Преображенском кладбище г. Москвы, в той его части, где расположены некрополи купеческого рода купцов-старообрядцев Морозовых. Евдокия Викуловна, жена С.В. Кокорева, урожденная Морозова (ее отец Викула Елисеевич Морозов, внук родоначальника династии купцов Морозовых – Саввы Морозова), умерла 5 июня 1943 года и была также похоронена в старообрядческом секторе Преображенского кладбища, недалеко от часовни, около могилы ее отца В.Е. Морозова.
Однако вернемся в Мухалатку. Несмотря на грозные письменные и устные предупреждения ЦУКК и лично Д.И. Ульянова о том, что дворец в Мухалатке поставлен на баланс ВЦИК, в конце ноября 1921 года поместье стали ожесточенно делить между Управлением Южсовхоза и политштабом РВСР. Окончательно закрепил за Управлением Кремлем и домами ВЦИК дворец С.В. Кокорева в Мухалатке приехавший в конце ноября 1921 года председатель Союза строительных рабочих Крымской республики и председатель Крымского комитета государственных сооружений А.П. Платонов, являвшийся в первую очередь тайным эмиссаром ВЦИК, осуществляющим надзор за деятельностью руководства Автономной Крымской ССР.
После приезда А.П. Платонова тотальное разграбление имения и дворца в Мухалатке, осуществляемое Управлением Южсовхоза и Наркомпросом, было полностью остановлено, но, по свидетельству бывшего управляющего А.М. Францессона, «…практически все предметы, имеющие хотя бы малейшую художественную ценность, были изъяты ЦЕСААХ, Южсовхозом и еще черт знает кем…».