Тем не менее в январе 1948 года истребитель приняли на вооружение под обозначением МиГ-9. Первым МиГ-9 освоил личный состав 50-го отдельного учебно-тренировочного Краснознаменного авиационного полка, участвуя в подготовке к так и не состоявшемуся ноябрьскому параду 1946 года. В декабре того же года летчики полка, впоследствии преобразованного в 1-й Учебно-методический Краснознаменный центр (КУМАЦ), перегнали парадные самолеты с макетным вооружением в Саваслейку Горьковской области. В январе следующего года туда же начали прибывать летчики из строевых частей — 10-го, 11-го и 14-го иак для переучивания на МиГ-9.
Первыми же должны были перейти на новый самолет 117-й иап 14-го иак 303-й иад (1-я ВА), 5-й иак 309-й иад (7-я ВА) и 1-й гвардейский иак 3-й гвардейской иад (16-я ВА, Германия). На 1 октября 1947 года в указанных соединениях числилось всего 29 «мигов», еще 85 машин находилось в 1-м КУМАЦ.
>МиГ-9 № 101001 с подвесными топливными баками на заводских испытаниях.
Выпуск МиГ-9 на заводе № 1 осуществлялся большими сериями, но качество самолета оставляло желать лучшего, и первоначальные хвалебные высказывания в адрес машины сменились на противоположные. В правительство, Министерство авиационной промышленности, ОКБ посыпались всевозможные жалобы. Сообщалось о необходимости повышения запаса прочности планера, о срыве в воздухе щитков шасси, о повреждениях планера звеньями патронной ленты при стрельбе из пушек, частом выходе из строя стартеров двигателей, представлявших собой двухтактный поршневой двигатель, называвшийся немцами «риделем».
Был случай, когда ВВС вернули на завод для доработок 70 машин!
В конце 1947 года венцом терпения военных стала докладная записка главкома ВВС маршала К. В. Вершинина. В ней, в частности, отмечалось, что в некоторых частях не было ни одного самолета в летном состоянии. На докладную быстро отреагировал министр государственного контроля Л. З. Мехлис, подготовивший доклад «О поставке Министерством авиационной промышленности недоброкачественных самолетов». В докладе указывалось на плохие взлетно-посадочные свойства МиГ-9, на недоведенность оружия и отсутствие катапультных кресел, быстрый износ покрышек колес, течь топливных баков и деформацию планера, отсутствие бронестекол и низкий ресурс двигателя.
Вокруг МиГ-9 стали сгущаться тучи. Парадоксальная ситуация: ОКБ-155, разработавшее самый мощный в СССР реактивный истребитель, вложившее в него самые прогрессивные технические решения (правда, в пределах, освоенных в стране технологических процессов), стало обвиняться в создании недоброкачественных самолетов, и кем — заказчиком, принявшим машину на вооружение. В ответ на развернувшуюся кампанию недоверия к самолету Министерство авиационной промышленности СССР в начале 1948 года подготовило своего рода протест, направленный министру иностранных дел М. В. Молотову, министру Вооруженных сил Н. А. Булганину и заместителю председателя Совмина СССР М. З. Сабурову, в котором, в частности, говорилось: