Заводские летные испытания самолета № 101001, проходившие с 27 декабря 1946-го по 5 апреля 1947 года, показали, что дальность полета увеличилась с 810 до 1100 км. На высоту 5000 метров самолет поднимался за 6,25 минуты, а практический потолок составил 12 800 метров.
Государственные испытания МиГ-9 с подвесными баками начались 28 апреля, но из-за отсутствия запасных двигателей РД-20А-1 приостановили 8 мая. В дальнейшем испытания подвесных баков продолжили на втором опытном экземпляре УТИ МиГ-9.
В соответствии с письмом главного инженера ВВС Маркова от 25 декабря 1947 года заместитель министра авиапрома П. Дементьев в январе следующего года дал указание о производстве МиГ-9, начиная с машины № 450 по образцу самолета 17-й серии выпуска 1947 года с тормозными щитками по типу УТИ МиГ-9. В 1948 году планировалось устанавливать, начиная с самолета № 380, на стволы пушек приспособления для отвода пороховых газов, на самолетах с № 400 — бронестекол, комбинированные указатели скорости, указатели числа М и индикаторы топлива в баках, а с № 450 — воздушные тормоза.
За годы серийной постройки было выпущено 19 серий в количестве 610 машин, включая опытные. Из них 10 — в 1946-м и 292 — в 1947 году. В 1948 году планировалось построить 250 боевых машин по образцу самолета № 109006 и 50 УТИ МиГ-9 по образцу, прошедшему государственные испытания. Однако этому не суждено было сбыться, и серийный завод построил 302 МиГ-9, но в боевом исполнении, и перешел на изготовление МиГ-15.
Как уже говорилось, освоение МиГ-9 в ВВС началось в январе 1947 года, и уже на этом этапе на новых самолетах дали знать о себе конструктивно-производственные дефекты. Например, к 1 мая, когда истребитель впервые продемонстрировали общественности над Красной площадью столицы. Но при подготовке к воздушному параду в Тушине 3 августа на нескольких машинах сорвало в полете щитки, прикрывавшие купола колес основных опор шасси. В той акции участвовали самолеты 7-й, 8-й и 9-й серий.
Щитки усилили, но, как оказалось, недостаточно, поскольку при подготовке к параду 7 ноября 1947 года на самолетах Курсов усовершенствования младших авиационных специалистов, передислоцированных с аэродрома Сейма в подмосковное Раменское (аэродром ЛИИ), щитки продолжали отваливаться на скорости 760–780 км/ч. К тому же военные испытатели посчитали, что запас прочности самолета недостаточен.
>Летающая лаборатория СДК-9А, предназначенная для испытаний системы наведения фронтовой крылатой ракеты ФКР-1.
На самолетах до 14-й серии пришлось усиливать обшивку крыла в районе хвостика нервюры № 11. Имели место случаи разрушения лопаток турбин двигателя. Все это негативно сказывалось на боеготовности частей и отношении к самолетам летного состава.