Эти две структуры и стали основой для последующего создания Гиммлером в том же 1935 году «Аненербе».
В 1936 году Гиммлер назначил директором «Аненербе» одного из своих ближайших соратников штандартенфюрера Вольфрама фон Зиверса. Тот, в свою очередь, в качестве главного научного консультанта взял декана философского факультета Мюнхенского университета Вальтера Вюста. После этого в состав «Аненербе» начался приток представителей различных сфер академической науки.
К началу Второй мировой войны в составе «Аненербе» действовало порядка пятидесяти отделов и других подразделений, которые занимались нетрадиционными исследованиями в различных видах естественных, общественных и технических наук.
Ведущее место в исследовательской деятельности «Аненербе» занимали биологические и медицинские исследования. Проводились массовые медицинские опыты как над заключенными концлагерей и советскими военнопленными, так над и немецкими военнослужащими-добровольцами, чтобы, в частности, узнать различные пределы выносливости и приспосабливаемости человеческого организма в различных условиях, а также для получения новых лекарств и методов лечения. Наиболее одиозную известность в связи с этим приобрел доктор Менгеле из Освенцима. Деятельность «Аненербе» в различных видах медицинских и биологических исследований, сопровождавшихся большим количеством насильственных опытов над людьми, была признана Нюрнбергским международным трибуналом одним из преступлений нацистского режима Германии против человечества.
Также в «Аненербе» было немало различных экзотических отделов, занимавшихся, к примеру, парапсихологией, оккультизмом. Но кроме них различные нетрадиционные методы познания окружающего мира изучали и представители различных академических наук. Так, например, в отделе геологии и минералогии проверялись различные методы и рецепты средневековых алхимиков.
Археологические исследования также были в числе приоритетных в деятельности «Аненербе». Ими занимались отдел раскопок и отдел древней и ранней истории. Этими отделами были организованы археологические экспедиции во французскую провинцию Лангедок, в Грецию, Болгарию, Польшу, Австрию, Хорватию, Румынию, на острова в проливе Ла-Манш. В Лангедоке внимание археологов «Аненербе» привлекла крепость сторонников ереси катаров на горе Монсегюр, а также пещеры и гроты соседних гор. Здесь они искали «Чашу Грааля».
Крупномасштабные археологические раскопки проводились специалистами «Аненербе» и на территории Германии, в частности на мегалитическом комплексе на скалах Эксерштайна, на месте средневекового города Хайтхабу на границе с Данией.