Кроме того, в это время румынские войска совместно с 11-й немецкой армией овладели значительной частью Молдавской ССР и начали наступление на Одессу, где находилась одна из военно-морских баз ЧФ. Поэтому как Народному комиссариату военно-морского флота, так и командованию ЧФ стало ясно, что предстоит оборона военно-морских баз на Черном море с суши.
В связи с этим в Севастопольском училище береговой обороны началась усиленная подготовка курсантов к боевым действиям на суше в качестве командиров подразделений морской пехоты. Кроме того, училище готовило на ускоренных курсах командиров подразделений и частей морской пехоты из числа офицеров береговых частей ЧФ; на эти курсы направляли также краснофлотцев срочной службы и призванных из запаса, имеющих среднее и среднее специальное образование.
Подготовка младшего командного состава для будущих частей морской пехоты из числа призываемых из запаса краснофлотцев началась в июле 1941-го в Балаклавской школе младшего начальствующего состава сторожевых катеров Учебного отряда ЧФ (до начала войны – 1-я Морская пограничная школа младшего начальствующего состава НКВД СССР).
В первый же день после начала войны – 22 июня 1941 года – 1-я Морская пограничная школа младшего начсостава НКВД со всем личным составом, материальной частью и запасами имущества перешла в подчинение Черноморского флота и была включена в состав Учебного отряда ЧФ под наименованием Балаклавской школы младшего начсостава сторожевых катеров.
Часть курсантов, ранее проходивших обучение в этой школе, сразу произвели в младшие командиры и распределили на корабли и катера флота, другая часть курсантов была направлена на доукомплектование экипажей учебных судов этой же школы по штатам военного времени.
После перевода в состав Учебного отряда ЧФ на школу младшего начсостава сторожевых катеров была возложена задача готовить младших командиров и специалистов для береговой и противовоздушной обороны флота. Для организации учебы по этому профилю школа была доукомплектована офицерами и старшинами – специалистами ПВО, со складов выделена материальная часть и приборы управления стрельбой зенитной артиллерии, соответствующие средства связи и учебная литература по новой специальности.
В начале июля 1941-го в школу пришли на обучение около 2500 человек мобилизованных из запаса и молодых призывников. С этим набором курсантов в течение шести недель шли занятия по программе рядового бойца, затем личный состав, отобранный для дальнейшей подготовки в качестве специалистов ПВО, был сведен в пять учебных рот, а остальные направлены в сухопутные части береговой обороны.