В августе 1941-го школе была поставлена задача сформировать батальон морской пехоты, для чего было получено пополнение в количестве еще 250 человек, в числе которых были офицеры и младшие командиры, предназначенные на командные должности батальона, а также старослужащие красноармейцы и краснофлотцы для повышения боеспособности этой новой части морской пехоты. Командиром батальона был назначен начальник продовольственного обеспечения школы капитан Бондарь, военным комиссаром – старший политрук Кондрашов. В этом батальоне начали подготовку сержантов и старшин для частей морской пехоты.
Кроме боевой подготовки, личный состав учебного батальона вместе с курсантами школы участвовали в строительстве оборонительных линий в районе сел Новые и Старые Шули (Штурмовое, Терновка), Нижнего и Верхнего Чоргуня (ныне на их месте село Чернореченское).
Некомплект личного состава до полного штата был пополнен из числа курсантов учебных рот. Теперь школа вела подготовку по двум направлениям: курсантов – как специалистов ПВО и бойцов батальона – по программам морской пехоты. Одновременно школа и батальон занимались строительством оборонительного рубежа в районе населенных пунктов Новые и Старые Шули, Нижний и Верхний Чоргунь.
До начала обороны Севастополя, в период июля – сентября 1941-го, школа неоднократно выделяла команды, всего более 500 человек, в формируемые флотом части морской пехоты, направлявшиеся в Одессу, Ростов, под Москву. Обычно в такие команды включалось 30 % постоянного и переменного состава школы и 70 % прибывшего пополнения. Для формируемой в Симферополе дивизии погранвойск НКВД тоже было выделено пополнение, а также 400 винтовок, станковые и ручные пулеметы со складов школы.
К началу обороны Севастополя в школе и батальоне морской пехоты было около 2000 человек, вооруженных, кроме учебно-боевых зенитных орудий, также 6 станковыми и 12 ручными пулеметами, 400 винтовками.
Формирование первых боевых частей морской пехоты ЧФ началось 15 июля 1941 года, когда в городе Измаиле, являвшемся главной базой дунайской флотилии, для его обороны с суши из личного состава береговых частей флотилии был создан «Сводный полк морской пехоты» под командованием полковника Комарова.
К сожалению, боевой путь этой первой части морской пехоты, сформированной вскоре после начала Великой Отечественной войны, практически не известен. Единственным упоминанием о нем является весьма краткая информация о том, что осуществляя прикрытие переправ 9-й и 18-й армий Южного фронта через реку Южный Буг 8 августа 1941 года, монитор «Ударный» и отряд бронекатеров, имея на борту десант в составе 7-й роты этого полка, начали движение вверх по реке Южный Буг и 12 августа в 5 часов утра высадили эту роту у деревни Сливны для обороны находящегося там аэродрома. Выйдя к аэродрому, рота разгромила высадившийся там немецкий воздушный десант, но вскоре была атакована немецкой пехотой и танками и под их натиском отошла в район Варваровского моста, где вновь заняла оборону (Береговые войска черноморского флота. Саратов, 2001. С. 49.).