Вторично 9-я бригада МП была сформирована в районе города Новороссийска с 17-го по 27 декабря 1941 года. Но в ходе высадки на Керченском полуострове в конце декабря 1941 года бригада понесла очень тяжелые потери и была расформирована.
Кроме высадки на Керченском полуострове, часть личного состава 9-й бригады морской пехоты в количестве трехсот человек была в это же время сведена в отдельный штурмовой отряд, который первым высадился в Феодосийском порту, расчистив дорогу для высадки главных сил феодосийского десанта.
В третий раз 9-я БрМП формировалась в Новороссийске, по одним данным, в январе – феврале, по другим – в апреле 1942-го, в составе трех батальонов, имея численность 3017 человек. На вооружении бригады было 1217 винтовок и автоматов, 27 станковых пулеметов, 16 минометов, 17 противотанковых пушек калибра 45 мм, восемь пушек калибра 76 мм и восемь гаубиц калибра 122 мм. На крейсере «Ворошилов», эсминцах «Сообразительный» и «Свободный» бригада была 27 мая 1942 года доставлена в Севастополь для участия в отражении предстоящего третьего штурма города немецкими войсками.
В ходе боев за Севастополь, в период третьего штурма, 9-я БрМП к 1 июля 1942 гоа прекратила свое существование и больше не восстанавливалась.
Также в обороне Керчи в ноябре 1941-го принимал участие и 8-й отдельный стрелковый (караульный) батальон Керченской военно-морской базы. При отступлении из Керчи один из взводов этого батальона попал в окружение и затем присоединился к партизанскому отряду, действовавшему в Староконстантиновских каменоломнях.
После освобождения Керчи в конце декабря 1942 года взвод вышел из каменоломен и присоединился к своим товарищам по батальону, которые участвовали в десанте по освобождению Керчи. В дальнейшем, в январе – первой половине мая 1942 года, 8-й батальон продолжал выполнять свои караульные функции в тылу Крымского фронта, находясь в Керчи, а в период 14–16 мая 1942 года, во время отхода войск фронта из Керчи на Таманский полуостров, вел бои на территории Керченской крепости (форт «Тотлебен») и затем, в ночь на 17 мая 1942 года, был вместе с другими частями эвакуирован из форта на Таманский полуостров.
В сентябре 1941-го в составе ЧФ во второй раз формируется 2-й полк морской пехоты. Командиром полка был назначен майор (по другим данным – капитан) Таран Николай Николаевич. Формирование этого полка произошло 16 сентября 1941 года на основе двух батальонов морской пехоты из состава Очаковской и Николаевской военно-морских баз, ранее участвовавших в обороне Очакова, Николаева и приморской крепости Кинбурн. При этом Очаковский батальон морской пехоты до начала войны именовался «141-й Местный стрелковый (караульный) батальон Очаковской военно-морской базы». К началу обороны Севастополя 2-й полк морской пехоты состоял из трех батальонов и насчитывал 1850 человек личного состава при 12 пулеметах. Кроме бригад и полков в сентябре – октябре 1941 года началось формирование отдельных батальонов морской пехоты из числа личного состава береговых частей ЧФ, находившихся в Севастополе. Это было связано с выходом немецких войск на Северные подступы к Крыму, к Перекопскому перешейку и началом там боев с 51-й армией.