Всего в Севастополе в сентябре – октябре 1941 года были сформированы следующие отдельные батальоны морской пехоты:
1) батальон тыла ЧФ;
2) батальон, сформированный из личного состава Балаклавского водолазного техникума и строительной роты флота (534 человека);
3) сводный батальон, сформированный из личного состава частей Охраны водного района, Службы наблюдения и связи Главной базы, 1-й и 2-й бригад подводных лодок, 1-й бригады торпедных катеров, 3-го отдела флота;
4) батальон морской пехоты АЗО (авиазенитной обороны), сформированный на основе роты аэростатных заграждений и личного состава ряда других частей ПВО Главной базы (572 человек и 12 пулеметов);
5) батальон, сформированный из личного состава ВВС ЧФ (900 человек, 2 станковых и 4 крупнокалиберных пулемета) – командир майор Литвиненко;
6) батальон школы специалистов запаса береговой обороны (550 человек, 5 пулеметов) – командир полковник И. Ф. Касилов (до формирования батальона – начальник этой школы);
7) батальон, сформированный из школы младших командиров Береговой обороны и ПВО и из личного состава химических частей флота в количестве 675 человек (командир – капитан П. С. Кудрявцев). В состав этого батальона входил автоброневзвод в составе двух химических (огнеметных) танков и двух броневиков;
8) батальон запасного артполка береговой обороны (командир майор Людвинчук);
9) батальон школы резерва береговой обороны (командир майор Ведмедь);
10) батальон Балаклавской школы младшего командного состава морских пограничных частей НКВД численностью 750 человек при 5 пулеметах, командир майор Писарихин (до формирования батальона – начальник этой школы);
11) батальон службы ВНОС (11-й батальон службы Воздушного наблюдения, оповещения и связи).
Также в этот период из личного состава школ Учебного отряда ЧФ были сформированы:
– батальон морской пехоты из школы оружия (755 человек при 9 пулеметах) – командир полковник П. Ф. Горпищенко, бывший начальник школы оружия;
– два батальона из электромеханической школы: 1-й батальон (991 человек, 5 пулеметов), командир капитан И. Ф. Жигачев, и 2-й батальон (732 человека, 5 пулеметов), командир капитан И. Ф. Когарлыцкий;
– батальон школы связи (600 человек, 3 пулемета), командир инженер-лейтенант П. А. Губичев – бывший начальник школы связи;
– батальон объединенной школы (550 человек, 5 пулеметов), командир майор П. Н. Галайчук.
27 октября 1941 года из личного состава Черноморского флотского экипажа были сформированы 1, 2, 3, 4-й заградительные отряды.
В начале ноября 1941 года в Севастополе был сформирован еще один батальон морской пехоты из состава частей ПВО Черноморского флота. Это был 11-й батальон службы ВНОС (воздушное наблюдение, оповещение и связь), который был создан в Севастополе в 1939 году. В первых числах ноября 1941 года его материальная часть, в том числе одна из двух радиолокационных станций типа «Редут», была вывезена на Кавказ, а большая часть личного состава была использована для создания батальона морской пехоты ВНОС или, как его иногда называли, 11-го батальона морской пехоты. Вскоре после своего формирования этот батальон начал участвовать в боевых действиях на Северной стороне, понес потери, после чего был расформирован, а его личный состав был направлен на усиления батальона морской пехоты Морской пограничной школы, в составе которого эти бойцы флотской ПВО принимали участие в боях на Балаклавском направлении.