В Каунасе массовые расстрелы были проведены 29 октября и 25 ноября 1941 года эсэсовцами и литовскими полицейскими. В Девятом форте было расстреляно около 19 тысяч человек. Во многих городах и местечках Литвы евреи были истреблены литовскими полицейскими под руководством немцев осенью 1941 года (Мариямполе, Вилкавишкис, Жежморяй, Кедайняй, Симнас, Алитус, Вилькия). Литовский врач Е. Будвидайте-Куторгене записала в дневнике: «Все литовцы, за малым исключением, единодушны в чувстве ненависти к евреям».
В уничтожении евреев на территории Литвы участвовали айнзацгруппы «А» и «В», подразделения местной полиции и местное население. К середине октября 1941 года число евреев, уничтоженных в Литве, составило 71 105 человек.
С 4 июля по 29 октября 1941 года в фортах Каунасской крепости подразделением айнзацгруппы «А» было уничтожено 18 223 еврея. В Вильнюсе массовые расстрелы евреев осуществляли подразделения айнзацгруппы «А» и местная полиция. В Панеряе к началу сентября 1941 года были расстреляны около 35 тысяч евреев.
К концу января 1942 года в Литве погибло 180–185 тысяч евреев (80 % жертв Катастрофы в Литве). Остальные были заключены в гетто. В 1943 году в Литве возобновились массовые акции.
В Литву депортировали европейских евреев. Так, в конце декабря 1941 года в Каунас прибыли эшелоны с 5 тысячами евреев из Германии, Австрии и Чехословакии. Они были уничтожены в Девятом форте. В 1941–1943 годах там же были уничтожены несколько тысяч евреев из Бельгии, Нидерландов и Франции.
Латвия была оккупирована 25 июня – 7 июля 1941 года. Туда прибыли подразделения айнзацгруппы «А», осуществившие расстрел евреев в окрестностях Елгавы и Лиепаи при участии латышских националистов. В первые дни оккупации немцы и помогавшие им латыши расстреляли в Бикерниекском лесу под Ригой несколько тысяч евреев. 4 июля члены организации «Перконкрустс» сожгли в Риге синагогу «Гогол-шул», в которой находилось около 500 евреев – беженцев из Шяуляя, а в Риге латышские националисты сожгли около 20 синагог – погибло около 2 тысяч человек.
В первые дни оккупации было создано латышское вспомогательное подразделение Германской полиции безопасности и СД под командованием бывшего офицера латвийской армии В. Арайса. Члены «команды Арайса» уничтожили еврейское население летом – осенью 1941 года без участия немцев в Абрене, Кудиге, Крустпилсе, Валке, Елгаве, Балви, Бауске, Тукумсе, Талси, Екабпилсе, Виляни, Резекне. В расстрелах участвовали и местные полицейские. В других населенных пунктах евреев расстреливали местные жители, члены организации айзсаргов и отрядов самозащиты.