В июле 1941 года около 20 тысяч евреев, которые не были гражданами Венгрии или чьё гражданство было сомнительным, были высланы в оккупированную немцами Галицию и уничтожены эсэсовцами при содействии венгерских солдат. В январе 1942 года в югославской области Бачка, оккупированной Венгрией, венгерские жандармы и солдаты убили тысячу евреев. В мае 1940 года десятки тысяч евреев были направлены в рабочие отряды, в том числе около 50 тысяч на Восточный фронт – когда в январе 1943 года 1-я венгерская армия была разбита, свыше 40 тысяч из них погибли.
С момента вступления Венгрии в войну и до начала немецкой оккупации (19 марта 1944 года), предлогом для которой послужило «саботирование окончательного решения еврейского вопроса», погибли около 63 тысяч евреев (8 % еврейского населения страны). Сосредоточение евреев в гетто началось в апреле 1944 года с провинции. Депортация в Освенцим началась 15 мая. 411 тысяч евреев было сосредоточено в 40 центральных гетто. Тысячи погибли в пути. А. Мартон, католический епископ Альба-Юлии, выступивший в мае 1944 года в защиту евреев, подвергся преследованиям венгерских властей.
Несколько тысяч венгерских евреев бежали в Румынию или скрылись в Будапеште. 95 % депортированных были направлены в Освенцим. 15 июня 1944 года был издан приказ министра внутренних дел, согласно которому следовало сконцентрировать будапештских евреев в двух тысячах домов, которые должны были вместить около 220 тысяч евреев.
В августе 1944 года, когда было сформировано правительство генерала Лакатоша, намеревавшееся заключить перемирие с союзными державами, под давлением международного общественного мнения (в защиту евреев выступили пресса, король Швеции, Ватикан и Красный Крест) положение евреев несколько улучшилось. Однако, когда 4 сентября правительство Лакатоша объявило войну Румынии, присоединившейся к союзным державам, венгерские отряды, вторгшиеся в Трансильванию, подвергли живших там евреев преследованиям.
В октябре 1944-го судьба евреев Будапешта резко ухудшилась. После неудачной попытки Хорти вывести Венгрию из войны к власти пришёл глава партии «Скрещенные стрелы» Салаши, который ввел в стране беспрецедентный антиеврейский террор. От захвата власти «Скрещенными стрелами» до вступления в Будапешт советских войск (18 января 1945 года) погибло около 98 тысяч будапештских евреев.
В результате соглашения Кастнер – Эйхман несколько тысяч евреев из провинциальных венгерских городов были транспортированы в Австрию, где большинство их осталось в живых. Позже три транспорта с 3344 евреями были отправлены в Швейцарию. Из общего числа евреев Венгрии во время Катастрофы погибло около 565 тысяч. Впрочем, разгром Третьего рейха и его союзников отнюдь не означал прекращения преследования евреев: уже после войны в Венгрии произошло несколько погромов.