Со временем "профессиональный уровень" ОПГ Ходорковского рос и от банального рейдерства группировка перешла к хищению нефти через подставные фирмы, зарегистрированные на территориях с льготным налогообложением — Мордовии и Эвенкии. Схема стала более запутанной, но не менее преступной.
В 2001–2002 годах предприятия ЮКОСа передавали фирмам-однодневкам сырую нефть по цене 35–40 долларов за тонну (в этот период на мировом рынке стоимость тонны нефти достигала 140 долларов). Но, на самом деле продукция никогда не отгружалась в адрес "однодневок", а сразу шла покупателям. На бумаге же "однодневки" "продавали" нефть кипрским компаниям Routhenhold Holdings Limited и Pronet Holdings Limited (дочки ЮКОСа), которые, в свою очередь, реализовывали ее по рыночным ценам. В результате реализации этой схемы, на счетах некоего ООО "Ратибор", зарегистрированного в Эвенкии, в конце 2003 года были аккумулированы, а затем выведены в офшоры более 2,5 млрд рублей. Суд также посчитал, что руководители "Ратибора" присвоили нефть "дочек" ЮКОСа на 340 млрд рублей. Исполнителей этой комбинации — Владимира Переверзина и Владимира Малаховского осудили на 11 и 12 лет, соответственно за хищение 13 миллиардов долларов США, из которых 8,5 миллиарда долларов было легализовано. Суд вынес приговор даже жестче, чем просило гособвинение.
Несколько отличалась от "эвенкийской" "мордовская" схема ЮКОСа. Там была зарегистрирована подставная фирма "Фаргойл", которой руководил гражданин Испании, благородный дон Антонио Вальдес-Гарсиа. Половину нефти, поставляемой ему ЮКОСом в 2001–2003 годах (в среднем 25–35 миллионов тонн ежегодно), "Фаргойл" экспортировал по рыночной цене 145–150 долларов за тонну. Вторую же половину отправлял на переработку на заводы ЮКОСа. Это было экономическое извращение — получалось, что ЮКОС сначала отдавал свое сырье "однодневке", а потом выкупал свое же сырье для переработки. К концу 2003 года на счетах "Фаргойла" под видом прибыли от его собственной деятельности была аккумулирована сумма в размере 236 миллиардов рублей. Наконец, из-за мордовских налоговых льгот этой компании-паразиту бюджет не досчитался 80 миллиардов рублей.
Что немаловажно — формально зарубежным трейдером полученных из сырья "Фаргойла" нефтепродуктов являлась компания "ЮКОС Экспорт Трейд". Но на самом деле этим занимались все те же кипрские "дочки" ЮКОСа. При этом, у Routhenhold Holdings Limited и Pronet Holdings Limited были заключены контракты со швейцарской компанией "Петроваль", через которую продукция якобы и должна была поступать покупателям. Но и тут все было только на бумаге — "Петроваль" делала вид, что работает, за это получая 5 % выручки. Все это было сделано для того, чтобы отмытые деньги оседали на швейцарских счетах Ходорковского без налоговых вычетов. У "Петроваль" было заключено соглашение о льготном налогообложении с Швейцарией, но и тут Ходорковский обманул власти — теперь Швейцарские — не сообщив, что "Петроваль" продает не собственную нефть и работает как комиссионер. Впоследствии исполнитель по этой преступной цепочке — Вальдес-Гарсия — был приговорен Басманным судом в Москве в заочно к 8 годам лишения свободы.