Всего, как установило следствие, в 1999 году Ходорковским и Лебедевым от имени подставных юридических лиц не заплатили налогов на 5,45 млрд рублей. В следующем, 2000 году неуплата налогов возросла вдвое — до 12 миллиардов рублей. Более того, структуры Ходорковского потребовали и получили от налоговиков возврата налога на прибыль на 128 миллионов рублей по якобы возникшей причине переплаты. Впоследствии Ходорковский предоставил в налоговые органы липовые документы о якобы имеющейся переплате налогов подставными фирмами и получил от государства возврата "переплаченных" налогов еще на 407 миллионов рублей.
Подобные фирмы-однодневки также платили налоги векселями от имени ЮКОСа. Существовала хитрая схема ухода от налогов — так называемый "обратный зачет", когда федеральные власти меняют задолженность компании перед федеральным бюджетом на задолженность региона, который, в свою очередь, имеет задолженность перед компанией. Вот как описывают эту схему в деталях: "Задолженность, как правило, носила фиктивный характер. В Волгограде дело обстояло так: область (согласно договору? 1) купила у некоего московского ТОО "Эмитент" нефтепродукты, которые (согласно договору? 2) отдала на ответственное хранение все тому же "Эмитенту". Затем (по договору? 3) нефтепродукты были проданы, но не за деньги, а за векселя мертвых фирм (в частности, в деле фигурировали вексель несуществующей фирмы "ЮНИЭЛ" на 36 миллиардов рублей и зарегистрированная по подложному паспорту фирма "Вымпел"). Так уж случилось, что история эта, в силу нелюбви волгоградского мэра к волгоградскому губернатору, вышла наружу: областная прокуратура завела дело, в московском офисе "Эмитента" при обысках изъяли договоры, заключенные с Курской, Свердловской, Воронежской, Челябинской, Тюменской областями — всего на сумму 1 триллион 869 миллиардов рублей"[49]. Такая немудреная схема "налоговой оптимизации".
Воруя из государственного, то есть нашего с вами кармана, миллиардами, Ходорковский не забывал и о "мелочевке". Олигарх активно и успешно пытался получить налоговые льготы для себя как для физического лица. Он уверял налоговые органы, что оказывает консультационные и управленческие услуги в качестве предпринимателя, осуществляющего деятельность без образования юридического лица, и представлял в доказательство этого факта подложные документы. Таким образом, Ходорковский оказался должен заплатить налогов государству за 1998 в сумме 3,8 миллиона рублей. Всего же за период 1998–1999 годов Ходорковский "зажал" 54,5 миллиона рублей подоходного налога и страховых взносов.