4 января 1932 г. Бочачер, «считая его дальнейшую работу в НИЯзе вредной», постановил: «Исключить Афанасия Матвеевича Селищева из состава действительных членов Института; довести об этом до сведения Сектора науки Наркомпроса». За увольняемого попытался вступиться его аспирант С. Б. Бернштейн, его тоже выгнали из института, заодно и исключив из «Языкофронта» (который, правда, на том же заседании самораспустился). 12 марта 1932 г. в НИЯз состоялось заседание методологического сектора с разоблачениями уже уволенного Селищева. Докладчиком выступал сам директор (в связи с чем говорили о том, что «мы присутствуем при рождении нового лингвиста» Бочачера). Вот выдержки из доклада: «Профессор Селищев в этой борьбе за Македонию стал… сторонником болгарского империализма… Нужно уметь разглядеть за «учеными» выкрутасами политическое лицо царско-буржуазного разведчика». Любопытно, что о пребывании Селищева у белых Бочачер не вспомнил, зато его поездка в 1914 г. в Македонию превратилась в выполнение разведзадания. Далее: «Перейду к книге “Язык революционной эпохи”. Эта книга очень талантлива. В этой книге очень тонко и умело скрыта клевета на нашу революцию». Вывод: «Работы Селищева – это работы идеологического интервента. Не только великодержавного шовиниста, но и капиталистического реставратора… Наше слово будет словом разоблачения идеологического интервента (Аплодисменты)».
Однако дело приняло иной оборот. За члена академии вступились, и через полгода после увольнения нарком просвещения А. С. Бубнов восстановил на работе и Селищева, и Бернштейна. Бочачер к тому времени из института исчез (в 1939 г. он будет расстрелян). Но и после этого институтские «вождята», как их называл В. Н. Сидоров, не давали покоя. Однако и «вождятам» (и вместе с ними всем сотрудникам института) дорого обошлись их выступления против Марра. Из-за этого весной 1933 г. НИЯз был закрыт, а его сотрудники разбрелись кто куда, некоторые долго оставались без работы. Селищев не имел работы около полугода, потом он добился зачисления в Институт славяноведения АН СССР, только что открывшийся в Ленинграде, куда он теперь должен был периодически ездить.
Но худшее было впереди. Скоро поездки в новый институт объявят «связью между московским и ленинградским центрами», институт менее чем через год закроют, а большинство его сотрудников арестуют. Сам Афанасий Матвеевич будет арестован в ночь на 8 февраля 1934 г. по одному делу с героем очерка «Никуда не годный заговорщик» Н. Н. Дурново и взятым в одну ночь с Селищевым будущим академиком В. В. Виноградовым.