Когда началась массовая реабилитация, Поливанов долго не подпадал под нее по той причине, что некому оказалось о ней хлопотать: жена погибла, детей, братьев и сестер не было. Но писать о нем стали все больше. В 1955 г. герой одного из моих очерков, японист Н. А. Сыромятников, кажется, первым упомянул в печати о его противостоянии Н. Я. Марру. Но наиболее важной была публикация в «Вопросах языкознания» в 1957 г., еще до официальной реабилитации ученого, статьи В. В. Иванова, ныне академика, «Лингвистические взгляды Е. Д. Поливанова», где впервые было сказано о значении его трудов не только для японистики и китаистики, но для языкознания в целом. С конца 50-х гг. возобновилась и публикация его работ, в том числе ранее не печатавшихся. А В. А. Звегинцев в 1960 г. включил одну из статей книги «За марксистское языкознание» в хрестоматию по истории мировой лингвистики наравне с работами признанных классиков советской науки.
Но реабилитация была необходима. За отсутствием родственников просьбу о пересмотре дела на имя Генерального прокурора СССР направил в конце 1962 г. Институт языкознания АН СССР. Показания в пользу Поливанова дали его друзья и коллеги разных лет: В. Б. Шкловский, В. А. Каверин, Ю. Яншансин и др. В частности, Шкловский, не обошедший и наркоманию, вспоминал, как на его глазах во время Февральской революции Евгений Дмитриевич «с группой людей строил баррикаду, перевернув трамвайный вагон и омнибус», а «во время Кронштадтского восстания водил на лед китайские и корейские отряды». В конце его показаний сказано: «Считали, что он идет во главе мировой лингвистики, ища ей общие законы. Прошло много десятков лет. Вероятно, многое открыто другими, но для славы советской науки, для истории марксистского языковедения и для исследования социальных вопросов литературы Востока, думаю, работы Евгения Дмитриевича не прошли [даром]». В итоге 3 апреля 1963 г. произошла реабилитация.
После этого наследием ученого стали заниматься активнее. В 1964 г. благодаря усилиям Л. И. Ройзензона в Самарканде состоялась первая конференция его памяти, тогда же А. А. Леонтьевым был составлен сборник его избранных трудов, включивший как издававшиеся при жизни, так и неопубликованные работы. К нему были приложены статья А. А. Леонтьева, Л. И. Ройзензона и А. Д. Хаютина – первая биография Поливанова и библиография его работ. Его публикация шла с трудом: против нее выступил заведующий отделом языков Института востоковедения (тогда Института народов Азии) АН СССР Г. П. Сердюченко, в прошлом видный маррист. Большую роль в издании тома сыграл авторитет Н. И. Конрада, к тому времени академика. Книга вышла в 1968 г., вызвала большой интерес, в 1974 г. появилось ее английское издание.