В 1908 г. Конрад поступил на восточный факультет Петербургского университета, окончив его по китайско-японскому разряду в 1912 г. Одновременно он, как и другие его коллеги-японисты, учился в Практической восточной академии, только там тогда можно было выучить разговорный язык. Руководителем Практической восточной академии был Д. М. Позднеев, крупный знаток языка, но более практик, чем ученый, а в университете тогда еще значительных японистов не было. На китайско-японском разряде лидером среди преподавателей был выдающийся китаист В. М. Алексеев, которого и Конрад, и Невский всегда считали главным своим учителем. Спустя много лет, в 1945 г. Конрад напишет Алексееву, к тому времени академику: «Я же, как Вы знаете, при всем своем официальном звании “япониста”, вообще говоря, всегда был и остаюсь китаистом». Но к китайским сюжетам ученый обратится много позже, в самый тяжелый период своей жизни. А после окончания университета Конрад сосредоточил свою деятельность на японистике.
В 1912 г. молодой ученый провел несколько месяцев в Японии. Первой его научной темой стало изучение японской системы школьного образования. Сама тема отразила новые тенденции в русском востоковедении. Впоследствии Конрад писал об эпохе, которую он еще застал в студенческие годы: тогда «начинающий ученый мог рассчитывать на самую активную поддержку своих учителей, когда они видели его сидящим над средневековой… рукописью»; среди востоковедов упорно держалось убеждение, что наука и современность – «вещи несовместные». Но уже В. М. Алексеев начал обращаться к современности, а для Конрада и Н. А. Невского эти проблемы стали приоритетными. Позже Конрад будет заниматься и древними памятниками, но и здесь его сферой деятельности будет анализ, комментирование и перевод текстов, уже изданных в Японии или Китае. И ни одного памятника он не издаст по рукописи, хотя именно это считалось главным делом для востоковедов старой школы. А первая его работа о системе образования, большая статья, опубликованная в 1913 г. в трех номерах «Журнала Министерства народного просвещения», целиком посвящена современной Японии.
Начинающий ученый показал себя дотошным наблюдателем. Он подробно изучил японскую школу времен европеизации страны, когда власть стремилась одновременно перенять научно-технические достижения Запада и сохранить «японскую душу», «дух Ямато». Оценка японской системы образования у Конрада далеко не однозначна. С одной стороны, им отмечены значительные достижения Японии в этой области всего за четыре десятилетия, с 70-х гг. XIX в. Отмечено, что к 10-м годам ХХ в. в Японии было 98 % грамотных, и все они умели пользоваться своей грамотностью на практике. Программа японской начальной школы «на первый взгляд… представляется безукоризненной и составленной так, что не остается желать ничего лучшего», в Японии «чужое здание приспособили к национальному фундаменту» очень успешно. Велики успехи в распространении по всей стране единых языковых норм, в преподавании сложной иероглифической письменности и др. Сам облик японской школы явно симпатичен автору исследования: «В больших городах начальные школы – огромные, частью каменные здания с массой свежего воздуха. В деревнях же школа обычно – самое лучшее здание», в котором поддерживается «полная чистота». Нередко у Конрада ощущается скрытое сопоставление с родиной, где тогда больше половины населения не знало грамоты, а при высоком уровне университетского и гимназического образования приходские школы и народные училища часто не отличались ни качеством обучения, ни чистотой и порядком.