Однако многое в японской школе было неприемлемо для Конрада. «То обстоятельство, что начала нравственного учения определяются не религией, не этической системой, а императорским манифестом, с трудом поддается пониманию иностранца, но для японца это почти само собой разумеется, нисколько не удивительно, не странно». «Эта идея величия, важности и почетности военной службы, унаследованная от времен старой Японии… идет в сильной степени вразрез со взглядами Европы». «В центре всего обучения начальной школы стоит родина – Япония, а весь внешний мир рассматривается лишь постольку, поскольку имеет к ней отношение». В японской школе господствовали культ предков и культ императора, восходившие к глубокой древности. В целом Конраду нравится в японской школе то новое, что появилось там под европейским влиянием, и не нравится то, что осталось от старой Японии.
Общий вывод ученого, достаточно любопытный, также содержит двойственность: «Вся система доведена до такого однообразия, что положительно можно сказать, что именно в данный момент, т. е. день и час, говорится во всех школах по данному предмету учителями в классе. Происходит, в сущности, не что иное, как последовательное отливание всех японцев в одну и ту же строго выработанную форму, снабжение их одним и тем же миросозерцанием и одними и теми же мыслями, чувствами, привычками, вкусами и пр… Все остальное приносится в жертву этому принципу однообразия, создающему, с одной стороны, удивительную монолитность народа, с другой же – делающему одного японца в значительной степени похожим на другого».
Труд о японской школе характеризует и его автора, западника, сторонника «идей народовластия и свободы, стремления к представительному строю», противника национализма, милитаризма и культа любого императора. Конрад показывает себя и верующим, и в то же время веротерпимым человеком: «Если брать буддизм как единое цельное явление, то между его добродетелью и добродетелью христианства, в сущности, слишком огромной разницы не найдется. И в том, и в другом вероучении главную роль играет чувство милосердия, сострадание и любовь».
Все это – типичная позиция либерального интеллигента того времени. В политике эта позиция выражалась партией кадетов. Конрад, кажется, не был ее членом, в отличие от своего коллеги С. Г. Елисеева, но в письмах он упоминал о своем «милюковствующем и кадетствующем сердце». И так было у большинства столичных интеллигентов, в том числе преподавателей и студентов восточного факультета, тогда возглавлявшегося Н. Я. Марром. Никто не мог предугадать, что через некоторое время многие из них вынужденно покинут родину, зато их декан вступит в партию большевиков, до 1917 г. находившуюся в подполье.