После того как Федерер в первом матче турнира выиграл у Типсаревича в трех сетах, Джокович проигрывал 2–1 Станисласу Вавринке во втором матче одиночки. Если бы Вавринка выиграл, Сербия фактически проиграла бы весь матч уже в первый день турнира. Но Джокович взял четвертый сет на тайбрейке 7–3 и пятый 6–4. Однако в течение матча Новак несколько раз обращался за помощью к своему врачу, чем сильно раздражал Федерера. После того как Федерер и его бывший сосед по дому Ив Аллегро выиграли в трех сетах парную встречу против Зимонича и Ильи Бозоляца, все было готово к поединку Федерера с Джоковичем в обратной одиночке третьего дня соревнования. Федерер был явно на взводе, и хотя результат и без этого мог оказаться таким же, поскольку у швейцарца есть способность показывать искрометную игру независимо от обстоятельств, в этом редком случае он сводил личные счеты. Джокович смог взять только восемь геймов. На пресс-конференции после матча Федерер прошелся по Новаку и выдал каламбур: «да он просто анекдот» («he’s a joke»).
По прошествии времени стало ясно, что этот матч был последним, где Сербия и Черногория выступали в качестве одной страны, в дальнейшем речь шла только о Сербии. К тому времени, как Сербия вновь приняла участие в этом турнире семь месяцев спустя, Джокович уже входил в первую десятку, на теннисную сборную возлагали огромные надежды. Интересно также отметить, что команда, которая играла в Швейцарии в сентябре 2006 г., была той же самой, которая выступала в финале против Канады в сентябре 2013 г. По сути дела, Сербия стала сильнейшей в мире в командных соревнованиях, располагая всего пятью игроками: Джоковичем, Типсаревичем, Троицки, Зимоничем и Бозоляцем. Иногда в небольшой стране, не имеющей возможности выбирать из большого количества игроков, может сложиться стабильная команда, так что наличие широкого выбора само по себе еще ничего не означает.
После язвительной критики со стороны Федерера в Женеве Джокович отправился в Метц, где выиграл турнир и вошел в первую мировую двадцатку. Он дошел до четвертьфинала на турнире Madrid Masters в закрытых помещениях. Там ему удалось поправить свои отношения с Федерером. Джокович завершил год на 16-м месте в мировой классификации. Еще один титул он завоевал в Аделаиде (там же, где Деян Петрович тремя годами раньше пытался получить для него wild card на участие в турнире), а затем встретился с Федерером в четвертом круге Открытого чемпионата Австралии. Хотя СМИ раздували шумиху вокруг этой встречи как матча-реванша, Федерер стремился только показать, что в Женеве он обыграл Джоковича не со злости, и он одержал очередную победу в трех сетах; Джокович на этот раз выиграл 10 геймов.