С великою честью приняли старца Новгородские бояре. Наслышан был Господин Великий Новгород о славе его подвига. Не только землями монастырь наделили – всем Кемским берегом, Колой и Сорокой, – но поставили и утвердили на вече: архимандриту его все народы тех стран под своею высокой рукою держать, суд им творить и сбирать с них дань в обительскую казну. Встречать же того архимандрита в его волости превыше, как князя и посадника, но как владыку митрополита: во все колокола бить и путь ему от моря до палат алым сукном стлать.
В те годы всем Новгородом, пятинами его и концами посадница Марфа Борецкая правила и, провожая старца в далекий обратный путь, созвала она на пир всех бояр. На пиру том отверзлись очи святителя и узрел он грядущее; видит: сидят за столом бояре – все без голов…
Так и сбылось. Посек гордые головы грозный Московский царь, попалил огнем Новогородское торжище и подворья, но жалованную обители честь, земли, ловы и соляные варницы утвердил большой печатью Московского царства.
Закопали Ногтева в бору, на том самом месте, где в стародавние времена воевода Мещеринов схоронил мятежных иноков соловецких, петлею им удавленных. Тоже давно это было; в царствование Тишайшего, по приказу Никона-патриарха. Монастырь тогда новопечатных книг не принял. Мало того: старцы обители соборно обличительное послание патриарху написали.
Суров и непреклонен был Никон. Самому царю властью своею патриаршей указывал он путь. Тверд был и архимандрит-игумен: слово свое супротив патриаршего поставил, ересиархом нарек Никона и грамоты о том по всем северным обителям разослал.
Никон стрельцов от царя истребовал, отдал их под начал своего патриаршего боярина Мещеринова и двинул ратную силу на Святую обитель. Не устрашился ее игумен, затворил окованные железом врата перед патриаршим воеводой и выкатил пушки на кремлевские стены.
Снова воспрянула супротив Москвы вольности Новгородской гордыня, и многие годы стоял под стенами Соловецкого кремля воевода Московского патриарха, «собинного» друга царя… Землянки, в которых жили патриаршие стрельцы, видны и теперь за монастырским кладбищем, на самой опушине бора. От них лишь ямки остались.
Устояла бы и дале твердыня древнего благочестия, но не судил того Господь. Некий чернец, имя его в Житиях не указано, переметнулся к Мещеринову и указал ему тайный ход, под стеною кремля к озеру Святому прорытый. По тому ходу в кремль вода под землею шла.
Темною ночью, потаенно вошли тем ходом в обитель патриаршие стрельцы, схватили архимандрита в его келье и, часу не теряя, на то же утро увезли в железах к патриарху.