К мероприятиям, имевшим целью физическое истребление христиан, прибавилось возникновение расколов, пользовавшихся поддержкой коммунистической власти. Для этого прежде всего были использованы лица, которые выросли в Православной Церкви, а иногда даже были её священнослужителями, но на самом деле, по разным мотивам, стремились к внесению в неё реформации протестантского характера.
Созрела очевидная необходимость восстановления в Русской Православной Церкви Патриаршества. И необходимость эта была продиктована не только всеобщей смутой, но и фактическим обезглавливанием Церкви в связи с падением монархии и установлением в России республиканского образа правления.
Тут необходимо сделать отступление, некий экскурс в историю, поясняющий как, когда и по каким причинам Русская Православная Церковь осталась без Патриарха. Вот что пишет об этом Н.Тальберг.
В первый год нового (восемнадцатого) столетия преставился Патриарх Адриан. Царём был 28-летний Пётр Алексеевич, одиннадцатый год на деле правивший государством. Великий преобразователь, жертвенно посвятивший себя царственному служению России, требовавший того же от всех своих подданных, заимствуя многое от пленившего его воображение своими техническими достижениями Запада, стремившийся вследствие этого усилить внешнюю мощность отечества, он не останавливался перед, порою чрезмерной, ломкой своего родного. Таковая ломка произведена была Царём и в отношении канонического строя Церкви.
Царь получил сообщение о кончине Патриарха под Нарвой, где находился с войском. Последнему необходим был Патриарх, сочувствовавший его преобразованиям, на которого он мог бы положиться, часто подолгу отсутствуя из Москвы. «Благоразумно ли было, – поясняет мысли Государя Соловьёв, – к сильной борьбе внешней и внутренней присоединить возможность борьбы с Патриархом, которая, и окончившись счастливо для Царя, во всяком случае, дала бы ему печальное значение гонителя, а жертва получила бы для многих и многих значение св. мученика?»
16 дек. 1700 г. состоялся именной указ: Патриаршему Приказу Разряду не быть, а дела по челобитиям мирских людей на духовных и духовных на мирских отослать по Приказам, где кто ведом; дела же о расколе и ересях ведать преосвященному Стефану, Митрополиту Рязанскому и Муромскому. Он наименован был: «Екзархом святейшего патриаршего престола, блюстителем и администратором».
Новый порядок, установленный Царём в Церкви в основном сводился к следующему: во главе церковного управления стоит местоблюститель патриаршего престола и, наряду с ним, для заведения хозяйственными делами, Монастырский приказ, со светским его начальником. Верховным авторитетом в делах религии признавался Собор архиереев.