К началу 1949 г. силы республиканцев консолидировались. В стране началось восстановление антиимпериалистического фронта, фактически распавшегося после Мадиунских событий. Активное участие в его восстановлении приняли члены КПИ, в том числе бежавшие из тюрем.
В январе-феврале 1949 г. голландские войска на Яве были блокированы в городах, за пределами которых власть принадлежала партизанам. Республиканское командование активно расширяло зону партизанских действий. На территорию созданных голландцами марионеточных «государств» в Западной и Восточной Яве, а также в Южный Калимантан были посланы части ТНИ, объединившие вокруг себя местные партизанские отряды.
На Суматре голландцам удалось нанести поражение республиканским войскам, которые распались на отдельные партизанские группы, не имевшие общего руководства. Однако постепенно штаб суматранского командования сумел объединить партизан и наладить их координацию действий.
4 марта 1949 г. командующий республиканскими войсками на Яве полковник Насутион издал приказ о переходе частей ТНИ к наступательным операциям, силами от батальона и выше. К этому времени республиканцы уже имели определенный опыт наступательных действий. В декабре 1948 г., в январе и марте 1949 г., они провели три успешных нападения на Джокьякарту, причем во время последнего нападения части ТНИ удерживали город в течение суток.
К концу марта – началу апреля 1949 г. фактически вся территория Явы, за исключением крупных городов, была очищена от голландских оккупантов. Республиканцами был освобожден также ряд районов Суматры и Калимантана.
В целом вторая колониальная война привела к провалу голландской политики в Индонезии, ибо она вызвала рост сопротивления индонезийского народа и массовую партизанскую войну против захватчиков, вызвала резкие протесты мировой общественности, в первую очередь СССР, вынудила отказаться от прямой поддержки оккупантов США и Англию, что отразилось на решениях Совета Безопасности.
Все это заставило голландцев освободить арестованных лидеров Республики, вернуть их в Джокьякарту и начать с ним переговоры. 11 августа 1949 г. прекратились боевые действия на Яве, а 15 августа – на Суматре. В соответствии с решениями Конференции круглого стола, состоявшейся 23 августа – 2 ноября 1949 г. в Гааге, Индонезийская Республика была признана независимым государством (Соединенными Штатами Индонезии), которое вскоре было провозглашено унитарным индонезийским государством, где президентом стал д-р А. Сукарно.[883]
По подсчетам английского историка Чарлза Мессенджера людские потери за время боевых действий в Индонезии составили: 24 тыс. человек у голландцев и 80 тыс. человек у индонезийцев.