Войска Индонезии, понеся значительные потери, сумели, тем не менее, избежать полного разгрома и с 26 декабря по приказу главнокомандующего Судирмана, продолжили вооруженную борьбу против голландских оккупантов. Кроме того, военному руководству на Яве пришлось возглавить как движение Сопротивления, так и деятельность всех республиканских властей.
В виду явного военно-технического превосходства противника военное руководство Республики выработало новую концепцию партизанской войны, известную как стратегия «войны слабого против сильного». Автором этой стратегии был начальник оперативного штаба ТНИ полковник А.X. Насутион. Суть ее заключалась в организации сопротивления колонизаторам путем опоры на созданную по всей стране сеть военно-административных районов, которые должны были служить основой организации партизанских сил и управления республиканской территорией в случае оккупации ее центров (городов) противником.[880] Полковник Насутион разработал и тактику вооруженной борьбы, которая предусматривала внезапные налеты небольших мобильных отрядов на коммуникации и тыловые объекты противника, блокаду занятых им городов и населенных пунктов. Подобные действия партизан должны были сковать основные силы врага и в сочетании с другими факторами (международной поддержкой Республики, например) заставить его, в конечном счете, отступить.
В соответствии с планом Насутиона командование ТНИ создало систему военно-партизанского управления во всех административно-территориальных единицах Явы – от деревенской общины до провинций. Военно-административные органы возглавляли кадровые офицеры, опиравшиеся на поддержку гражданских властей и населения. Высшая военная и гражданская власть была сосредоточена в руках военного правительства Явы, возглавлявшегося главнокомандующим генералом Судирманом и командующим республиканскими войсками на Яве полковником Насутионом. Военному правительству непосредственно подчинялись военные губернаторы провинций. Боевыми действиями на Яве руководил штаб военного командования, находившийся в районы Джокьякарты. Партизанские отряды делились на территориальные и мобильные. В задачу первых входила оборона определенного района. Вторые предназначались для нападений на противника.[881]
Наряду с партизанской войной, индонезийцы применяли тактику «выжженной земли», которая в сочетании с саботаже не давала захватчикам возможности эффективно эксплуатировать плантации и предприятия на оккупированной ими территории. В занятых голландцами городах, действовали подпольные республиканские власти, связанные с партизанами. В Джокьякарте, Соло, Мадуине и других городах крепло движение «несотрудничества» с оккупантами. Так, в Джокьякарте из 10 тыс. государственных чиновников, находившихся в городе и окружающем его районе, с голландцами сотрудничало только 150 человек.