22 июня 1941 года ЭПРОН полностью вошел в состав Военно-Морского Флота, на первых порах сохранив свое старое имя. Его организационная структура, сложившаяся в предвоенный период, в целом отвечала задачам аварийно-спасательного обеспечения боевых действий ВМФ и поэтому в первый период войны коренной ломки не претерпела. Изменилась лишь система подчиненности: подразделения Экспедиции были переданы флотам по месту дислокации и подчинялись Главному управлению, которое стало одним из центральных органов ВМФ, лишь в специальном отношении. В полном его подчинении остались Военно-морской водолазный техникум и Центральные мастерские. С 1942 года изменено и название: бывший ЭПРОН именуется Аварийно-спасательной службой Военно-Морского Флота (АСС ВМФ), а экспедиции на местах — отделами аварийно-спасательной службы. Военно-морской водолазный техникум стал именоваться Аварийно-спасательным учебным отрядом — АСУО ВМФ.
Организационно-штатная структура АСС флота в последующем неоднократно корректировалась в соответствии с требованиями войны. По мере освобождения территории от врага увеличивался объем судоподъемных работ на реках, прежде всего на Волге. В связи с этим с июня 1943 года было принято решение о создании в Военно-Морском Флоте Речного аварийно-спасательного управления (РАСУ). Эта новая служба в системе ВМФ существовала до октября 1944 года, когда она в полном составе была передана в Наркомречфлот и стала именоваться Главным военно-речным управлением (ГВРУ) Наркомречфлота. Позже ГВРУ было преобразовано в управление «Подводречстрой» Минречфлота РСФСР, существующее и поныне.
С осени 1943 года, по мере освобождения Кубани, портов Азовского и Черного морей, число отрядов и групп АСС на юге стало непрерывно расти. Район их действия постепенно расширялся от Поти до Варны (Болгария).
С прорывом блокады Ленинграда и быстрым продвижением советских войск на запад потребовалось срочно развернуть силы и средства АСС Краснознаменного Балтийского флота. Вновь создаваемые отряды шли на запад в первом эшелоне. К концу войны они действовали во всех советских, польских и германских портах от Ладожского озера до Варнемюнде включительно.
После освобождения нашими войсками Печенги и Лиинахамари отряды АСС были сформированы также на Севере.
На Тихоокеанском театре во время скоротечной войны против Японии было потоплено значительное число судов противника. В портах Северной Кореи — Сейсин, Расин, Юки, а также в Порт-Артуре были созданы подразделения АСС для их подъема и расчистки гаваней.
Таким образом, война, сопровождавшаяся огромными потерями в корабельном составе, засоренностью акваторий портов, разрушением портовых гидротехнических сооружений, вызвала необходимость значительного увеличения количества подразделений Аварийно-спасательной службы. К концу 1945 года АСС по численности и технической оснащенности в четыре раза превосходила ЭПРОН 1941 года.