Резко увеличилась аварийность в период ледостава: лед забивался в кингстоны, двигатели останавливались, и корабли превращались в неподвижные мишени для врага.
Маневрируя под обстрелом противника, суда нередко садились на мели, выбрасывались на берег, ломали рули и гребные винты. Но все это не могло прервать перевозки ни на один день. Во время Сталинградской битвы Волжская военная флотилия переправила в город 82 тысячи бойцов и командиров, многие тысячи тонн боеприпасов и продовольствия, а на левый берег — 52 тысячи раненых и эвакуируемых. Свою долю в этот героический ратный труд вложили моряки АСС. В 1942 году они подняли с грунта 5 судов, сняли с мели 2 и поставили на зимнюю стоянку на берег 11 судов, выполнили различные водолазные работы на 82 кораблях и судах. Со дна Волги было извлечено 14 000 артиллерийских снарядов и много боевой техники. 17 судов было поднято в 1943 году.
Аварийно-спасательная служба Днепровской военной флотилии была создана в конце 1944 года, Дунайской — в начале 1945-го. На Днепре ее возглавлял И. Д. Кравцов, на Дунае — В. А. Романов.
На обеих флотилиях АСС состояла из групп — по одной в каждой бригаде речных кораблей. Своих плавсредств группы не имели и передвигались либо на кораблях своих бригад, либо на автомашинах по берегу. Главной их задачей была расчистка фарватеров и проходов от обрушившихся мостов и затопленных судов. Спасатели Днепровской флотилии вместе со своими бригадами дошли до Берлина. В 1945 году ими было поднято 15 катеров и судов общим водоизмещением 4730 тонн, снято с мели 6 судов (2800 тонн).
На боевом счету АСС Дунайской военной флотилии 35 поднятых катеров и судов (1056 тонн).
22 июня 1941 года Хабаровский аварийно-спасательный отряд, подчинявшийся начальнику Тихоокеанской экспедиции ЭПРОНа, перешел в состав Краснознаменной Амурской флотилии. Его подразделения располагали спасательными судами «Сунгари» и «Кема», несколькими рейдовыми водолазными ботами.
До 1945 года аварийные случаи на Амуре были редки. Но с началом войны с Японией их число резко возросло. В период 1942–1945 годов силами АСС флотилии было поднято 36 судов общим водоизмещением 9190 тонн, снято с мели 43 судна (12 870 тонн) и оказана помощь 25 судам (8180 тонн).
На Сунгари, Амуре, Зее и других дальневосточных реках судоподъемные работы затруднялись сильным течением, абсолютной мутностью воды. Затонувшие суда быстро заносило песком. Их корпуса, обычно изготовленные из тонкой стали, легко прорезались стропами. Гребные колеса, расположенные по бортам в непрочных кожухах, осложняли использование судоподъемных понтонов. Особенно сложными были подъем буксирного парохода «Пролетарий», парохода «Шала-Хан» и снятие с мели канонерской лодки «Красная звезда».