Летом 1917 года Марпартия начала установку шлюзовых шахт и выгрузку боезапаса. Это была трудная, опасная, поистине самоотверженная работа, не прекращавшаяся круглые сутки. Люди трудились в полумраке, при стопроцентной влажности, под давлением до 1,5 атмосфер, воздух был насыщен парами мазута и разлагающихся органических веществ. При необычном положении корабля на человека в любую минуту могли обрушиться незакрепленные механизмы, могли взорваться боеприпасы, вызвав пожар.
В начале ноября 1917 года кормовая оконечность линкора была поднята. Затем около пяти месяцев выгружались боеприпасы, шли работы по обеспечению плавучести кормовой части. Одновременно шлюзовые шахты были переставлены ближе к носу, а носовые отсеки подготовлены к осушению.
В конце марта 1918 года был поднят весь корабль. Четыре башни главного калибра и носовая боевая рубка остались на месте катастрофы глубоко в грунте.
После устранения крена «Императрицу Марию» вверх килем отбуксировали к берегу Северной стороны и поставили на бочки. С линкора выкачали мазут, выгрузили уголь, демонтировали и сняли многие механизмы. Наиболее трудоемкой операцией оказалось отделение 150-тонной кормовой боевой рубки. Ее крепления, а также ростры и другие выступавшие ниже палубы конструкции пришлось перебить взрывчаткой. Водолазы работали под кораблем в сложнейших условиях, на весу, в темноте. К концу мая все свисавшие части были удалены и начался ввод линкора в док. Докование корабля вверх килем проводилось впервые в мировой практике; позже этот метод был освоен итальянцами и англичанами.
Проект подготовки линкора к переворачиванию на ровный киль предусматривал герметизацию его носовой и кормовой частей с установкой в носу двух 400-тонных прямостенных понтонов. После выполнения необходимых подготовительных работ и вывода корабля из дока планировалось крепление на его днище 28 негодных орудий (1500 тонн) и заполнение междудонного пространства водой до получения начального крена на правый борт. Достигнутое таким образом резкое перемещение центра тяжести судна, а также впуск воды через отверстия правого борта в пространство между верхней и средней палубами должны были перевернуть линкор в прямое положение.
За 3,5 года в доке было выполнено до 75 % работ, предусмотренных проектом. Однако за это время на линкоре произошли местные деформации, а в бетоне дока стали появляться трещины. Дальнейшую подготовку пришлось прекратить, и в ноябре 1922 года корабль, наполненный сжатым воздухом, был выведен вверх килем из дока и поставлен на бочки в Северной бухте. Через несколько лет деревянные заделки пришли в негодность, герметизация нарушилась. Было решено восстановительные работы не возобновлять. В 1926 году силами ЭПРОНа линкор был введен в док и разрезан на металл.