Исключительно сложными и опасными были работы по созданию судоходного прохода в ряжевой Милютинской дамбе, закрывающей старый стратегический фарватер Финского залива с северной стороны острова Котлин. Военный совет КБФ для их выполнения поставил самые сжатые сроки. Водолазы вручную прорыли 14 колодцев, заложили в них 37 тонн взрывчатки. Одновременным взрывом всех зарядов был создан проход шириной 100 метров и глубиной 6 метров. Работали ночью, в полностью замутненной воде, под методическим артобстрелом.
В течение того же года отрядом было извлечено из-под воды около 5000 тонн ценных грузов, более 300 танков, орудий, автомашин и тракторов, демонтировано и поднято артиллерийское вооружение с двух затонувших кораблей.
В 1944–1945 годах для восстановления освобожденных портов на Балтике было создано еще два отряда ПТР — 30-й и 143-й. Главное направление в деятельности балтийских отрядов составляли в этот период восстановление и ремонт разрушенных гидротехнических сооружений, очистка русел рек от мин, обломков, металлических и бетонных конструкций, обрушившихся мостов и т. п.
В марте 1944 года 30-й отряд во главе с А. Н. Говоровым и инженером Б. Н. Постниковым приступил к восстановлению разрушенного бокового эллинга на Кронштадтском морзаводе. Задание было выполнено за три месяца, заслуга ряда работников отмечена правительственными наградами.
В период наступления наших войск вдоль побережья финского залива отряд проделывал проходы в каменных грядах, и небольшие боевые корабли внезапно появлялись там, где их не ждал противник. В районе Усть-Луги были построены временные причалы и восстановлены разрушенные мосты. Работы велись зачастую в условиях соприкосновения с противником. В июле при выполнении специального задания по ремонту подводного сооружения в открытой части Финского залива (в районе Шепелева маяка) вражеская подводная лодка торпедировала килектор, обеспечивавший работы. При взрыве погибли лучшие водолазы отряда главные старшины Мышлевский, Козич и Виноградов.
В сентябре, после освобождения Таллина, отряду было поручено восстановление причалов в Купеченской, Минной, Беккеровской и других гаванях и на судоверфи, а также поиск и подъем мин на акваториях порта. Конец войны застал отряд за сооружением в Таллине станции беспроводного размагничивания (СБПР) на глубине 12 метров и контрольно-измерительной станции (КИМС) на глубине 25 метров. Отрядом были произведены большие работы по восстановлению гидротехнических сооружений в Палдиски, Хапсалу, Рохукюля, Виртсу, Локса и в других портах, по восстановлению мостов в Эстонии.