В сложной ситуации сэр У. Гамильтон проявил завидное самообладание. Летом 1800 он вышел в отставку и вернулся в Лондон в сопровождении жены и Г. Нельсона. На родине Г. Нельсон был встречен как национальный герой, удостоился высших наград и почестей. Связь с Г. возобновилась с новой силой. 29 января 1801 она родила девочку, нареченную Горацией Нельсон (Horatia Nelson, 1801—1881). Осенью того же года Г. Нельсон купил небольшой домик в предместье Уимблдона, в котором поселился вместе с Г. и ее законным мужем. Лондонские газеты следили за каждым шагом скандального семейства, соревновались в описании туалетов леди Г. и меню ее званых обедов. Открытое попрание моральных норм вызывало негодование и резкие протесты законной жены Г. Нельсона Фанни.
В мае 1803 Г. Нельсон отправился в очередной длительный поход по Средиземному морю. В его отсутствии леди Г. разрешилась от бремени вторым ребенком, который вскоре умер. Она продолжала жить на широкую ногу: устраивала приемы, крупно играла на деньги. Настойчиво добивалась пожизненной пенсии за умершего в 1803 сэра Уильяма Гамильтона, однако, получала от парламента вежливые отказы. Г. Нельсон возвратился 20 августа 1805, но уже через две недели получил предложение командовать всем английским флотом. Г. Нельсон тотчас отправился к месту назначения. 21 октября 1805 он был смертельно ранен в битве при Трафальгаре.
Получив известие о гибели Г. Нельсона, Г. пала духом. Она пристрастилась к алкоголю, быстро растратила оставшиеся средства и понаделала огромные долги. Надежда на помощь старого поклонника герцога Куинсберри не оправдалась. Настал момент, когда все источники существования были исчерпаны. Кредиторы больше не давали отсрочки. Летом 1813 вдова посла его величества и любовница национального героя Англии отправилась в долговую тюрьму Кингс Бич. Леди Г. провела в ней ок. десяти месяцев. Весной 1814 адвокату Джошуа Джонатану Смиту удалось добиться ее освобождения под залог и помочь бежать во Францию.
В ужасающей нищете Г. прожила несколько последних месяцев в Кале и скончалась от дизентерии 15 января 1815.
Место захоронения леди Г. неизвестно, однако память о ней хорошо сохранилась. В 1815 были опубликованы ее мемуары («Memoirs of Emma, lady Hamilton, the friend of Lord Nelson and the court of Naples»). Образ леди Г. неоднократно воплощался в живописи. Портретная галерея, созданная Д. Ромни, Д. Рейнольдсом, Э. Виже-Лебрюн и др. насчитывает более сотни полотен. Фильм Ричарда Освальда «Леди Гамильтон» (1921) и одноименный мюзикл Э. Кюннеке. Широко известный российской публике фильм Александра Корды «That Hamilton Woman