Древнейшим населением Петры были эдомитяне — племена семитской языковой группы, которые в Библии упоминаются как потомки Исава. Однако за восхитительную архитектуру города мы, в большей степени, должны быть благодарны набатейской культуре. Набатейцы — это представители кочевых арабских племен, которые к IV в. до н. э. расселились на землях Палестины и на юге Иордании и создали государство со столицей в Петре. Естественная зашита и удобное расположение — на развилке торговых путей, соединявших арабскую, ассирийскую, египетскую, греческую и римскую цивилизации, — способствовали усилению Набатеи. Доход от контроля за караванным путем, соединявшим Аравию с Сирией, вскоре позволил набатейцам создать своеобразную торговую империю, на севере простиравшуюся до Сирии, а город Петра стал центром торговли пряностями. Накопленные в результате торговли сокровища набатейцы вкладывали в строительство. Высеченные из камня здания были выполнены в стиле, сочетавшем местные традиции и каноны эллинистической культуры. Впрочем, размах, с которым набатейцы вели строительные работы, вполне объясним. Петра располагалась на краю палящей пустыни, а значит, снабжение водой было делом первостепенной важности, поэтому набатейцы построили очень сложную систему плотин, разработали ирригационную систему и технологию сбережения воды. Богатство набатейцев вызывало зависть у соседей, отчего жителям Петры не раз приходилось обороняться. В конце IV в. до н. э. город атаковал царь Антигон из династии Селевкидов. (Империя Селевкидов была основана в 312 г. до н. э. полководцем Александра Македонского Селевком I и включала большую часть восточных земель империи Александра.) В 64–63 гг. до н. э. Набатея была покорена римским полководцем Помпеем, а в 107 г. н. э., в период правления императора Трояна, стала частью римской провинции Аравия. Но расцвет Петры продолжился и в период римской оккупации: строились новые сооружения, в частности огромный театр, колоннада, обрамляющая центральную улицу, и триумфальная арка перед входом в ущелье. Ученые подсчитали, что в период наи высшего расцвета население Петры составляло приблизительно 20–30 тыс. человек. С ростом влияния сирийского города Пальмиры, расположенного на пересечении торговых путей, соединявших Римскую империю с Персией, Индией и Китаем, деловая активность в Петре пришла в упадок.
В IV в. Петра стала частью христианской Византийской империи, но уже в 363 г. н. э. отдельно стоящие строения города были разрушены в результате мощнейшего землетрясения. Именно в этот период набатейцы покинули Петру, и никто не знает наверняка почему. Вряд ли город был заброшен из-за землетрясения. Во время раскопок было найдено очень мало ценных предметов, что свидетельствовало о том, что люди не ушли внезапно. Позднее, в 551 г., чудовищное землетрясение практически полностью разрушило город, поэтому к началу арабских завоеваний в VII в. Петра уже уходила в небытие. В 747 г. еще одно разрушительное землетрясение окончательно опустошило город. Вплоть до начала XII в. здесь воцарилась тишина, пока на территорию города не вступили крестоносцы. Они решили обустроить в Петре свой форт. Но уже в XIII в. крестоносцы покинули город, и тот оказался во власти песчаных бурь, скрывших на века большую часть некогда великого города. О руинах Петры надолго забыли.