Последние шесть Ер-2 эксплуатировались в 747-м дбап до конца 1943 г., и ВВС расстались с Ер-2 более чем на год. Лишь в начале 1945 г. Ер-2 стали поступать в дальнюю авиацию после освоения производства новой версии бомбардировщика в Иркутске.
12 января 1945 г. Шахурин сообщал Сталину: «Первые 50 самолетов Ер-2, выпущенные с моторами АЧ-30Б первых серий, могут быть использованы для учебно-тренировочных полетов… на первое время в радиусе действия до 500 км.
>Ер-2, использовавшийся для испытания моторов М-105.
Все остальные самолеты могут быть использованы без ограничений в соответствии с тактико-техническими данными… Для перевооружения на Ер-2 выделяется 8-я гвардейская авиадивизия (командир В. Г. Тихонов) в составе 327-го, 329-го, 332-го авиационных полков. Первый полк этой дивизии будет подготовлен к 15 марта, второй — к 15 апреля и дивизия в целом к 15 мая 1945 г.».
Ер-2 состояли на вооружении и 330-го дбап (командир П. М. Засорин), дислоцировавшегося в Зябровке (Белоруссия). На 26 марта 1945 г. 33 машины находились в 1-м и 3-м авиакорпусах и 77 — в 8-й гвардейской авиадивизии. До конца войны оставалось полтора месяца, и на Ер-2 с дизелями успели совершить лишь два боевых вылета.
Летом того же года в 8-й гвардейской авиадивизии должны были начаться войсковые испытания Ер-2, однако эти планы пришлось откорректировать. 12 июля нарком А. И. Шахурин писал командующему 18-й воздушной армией (так с 6 декабря 1944 г. стала именоваться АДД) А. А. Новикову: «Учитывая заявление главных конструкторов Чаромского и Сухого о возможности быстрого улучшения материальной части генерал-майора Тихонова, а также в связи с недостатком запасных частей мотора… и необходимостью подготовки группы самолетов к параду, прошу отложить войсковые испытания… Ер-2 на срок до особой договоренности».
Несмотря на это, Ер-2 передали на войсковые испытания, проходившие на аэродроме Белая Церковь (Украина). Они завершились 23 августа с неудовлетворительной оценкой из-за большого количества дефектов, в том числе у дизелей. Отмечались невозможность полета на одном моторе и тяжелое управление. Более того, 10 августа один самолет (заводской № 7013907) потерпел катастрофу в районе Полтавы.
>Подвеска бомб под Ер-2 с дизелями АЧ-30Б, 1945 г.
В августе 1945 г. командование 18-й воздушной армии подготовило обзор работы самолетов Ер-2 с моторами АЧ-30Б за период с августа 1944 по июль 1945 г. За это время количество боевых машин возросло с 13 до 185, а общий налет составил 6477 ч. Средний налет на один дефект по самолету составлял 29,2 ч, по мотору — 14,4 ч. Чаще всего ломались коленчатые валы и разрушались поршни двигателей, выходили из строя шасси и появлялись трещины в топливных баках. Заказчик потребовал устранить все дефекты, установить флюгерные винты и передать на госиспытания три доработанных самолета, а в декабре 1945 г. отправить на войсковые испытания 20 машин. Еще в августе вышло соответствующее постановление ГКО, но, несмотря на все усилия, предприятия НКАП не справились с поставленной задачей и на основании постановления правительства от 26 февраля 1946 г. Ер-2 сняли с производства, а затем и с вооружения. К этому времени на заводском аэродроме находилось 94 самолета, готовых к отправке, а в сборочном цехе — 49 машин. Значительным был и задел, скопившийся в агрегатных и заготовительных цехах.