Последние годы Фатхи Шкаки укрывался вместе с женой и пятью детьми в Дамаске в районе лагеря беженцев аль-Ярмок. Вполне обоснованно опасаясь покушения со стороны агентов израильских спецслужб, Шкаки нигде не появлялся один. Несмотря на то что в Дамаске он находился под защитой сирийских спецслужб, рядом с ним двадцать четыре часа в сутки неотступно следовало большое количество личных телохранителей. Офис и дом, в котором проживала семья шейха Фатхи Шкаки, были оборудованы современными электронными системами защиты. Однако, претендуя на лидерство в палестинском движении исламского сопротивления, шейх Фатхи Шкаки не мог ограничить свою деятельность лишь руководством террористическими актами на территории Израиля и Ливана, не выходя из своего дамасского офиса. Как ни странно, но именно на территории Израиля палестинское население пользовалось гораздо большими правами, чем в соседних арабских странах, где их положение зачастую сводилось к униженному, рабскому существованию. Шейху Фатхи Шкаки иногда приходилось покидать пределы Сирии, прикрываясь фальшивыми заграничными паспортами, чтобы, используя свой огромный авторитет в арабской среде, выступать в роли защитника интересов палестинских беженцев.
В четверг 27 октября 1995 года, примерно в 11 часов утра, к парадному входу гостиницы «Дипломат», расположенной в курортном городке Сльема, недалеко от мальтийской столицы Валлетта, подъехал мотоцикл «YAMAHAXT» голубого цвета. Работники гостиницы потом рассказывали, что двое парней восточносредиземноморской внешности, примерно 23–28 лет, оставили мотоцикл в стороне и, не привлекая к себе внимание окружающих, стали кого-то ожидать у входа в вестибюль.
Спустя короткий промежуток времени в вестибюль гостиницы вошел мужчина лет сорока трех и, предъявив ливийский паспорт, зарегистрировался в гостинице под именем Ибрагима аль-Шаувиша. Человек, представившийся ливийским бизнесменом, был внесенный в черный список израильского «Моссада» лидер палестинской террористической организации «Палестинский Исламский Джихад» шейх Фатхи Шкаки. Какое-то время он находился в своем гостиничном номере, затем, примерно в 13:00, вышел из отеля, держа в руках пустую сумку, по всей видимости, чтобы сделать какие-то мелкие покупки. Заметив появившегося на пороге гостиницы шейха Фатхи Шкаки, один из киллеров вернулся к мотоциклу и завел мотор. Второй киллер, молодой человек среднего роста, примерно 23-х лет, одетый в черную футболку и синие джинсы, на глазах у десятков прохожих быстро приблизился к своей жертве. Окликнув Шкаки по имени, он молниеносно выхватил пистолет с глушителем и произвел пять выстрелов в голову. Три пули вошли в лоб, одна в шею, другая в висок. Затем вскочив на подъехавший к парадному входу мотоцикл, киллер скрылся вместе со своим сообщником в неизвестном направлении.