Все произошло настолько быстро, что никто не успел ничего понять. Менее двадцати секунд понадобилось нападавшим, чтобы «ливийский бизнесмен» упал на пороге отеля и забился в предсмертных конвульсиях. Из-под сбившегося парика обильно забила кровь. Шейх Фатхи Шкаки погиб на месте. Его не смогли спасти ни фальшивый ливийский паспорт, ни накладной парик, ни измененная до неузнаваемости внешность.
Мальтийская полиция объявила розыск двух молодых парней восточносредиземноморской внешности, 23–28 лет, роста 170–180 см. Был даже сделан фоторобот одного из подозреваемых, управлявшего мотоциклом, однако все попытки задержать киллеров оказались тщетными. В течение часа после покушения на шейха Фатхи Шкаки их уже не было на острове. Единственное, что смогла сделать мальтийская полиция, это обнаружить спустя несколько часов брошенный под мостом в центре Сльемы мотоцикл с фальшивыми местными номерами «Q-6904», на котором скрылись нападавшие, и два фальшивых паспорта, оставленных рядом с мотоциклом. Мальтийская полиция прокомментировала убийство как «высокопрофессиональное».
Шейх Фатхи Шкаки довольно часто останавливался в гостинице, регистрируясь под именем ливийского бизнесмена Ибрагима аль-Шаувиша. Насколько известно, Шкаки возвращался из Ливии, где у него была встреча с Муаммаром аль-Каддафи, которого он пытался убедить не депортировать палестинских беженцев с территории Ливии. Он сошел на берег Мальты с парома, следовавшего из Ливии, утром в день своей смерти – четверг 27 октября 1995 года – и планировал задержаться на острове не более суток, чтобы затем отправиться через Рим в Сирию. Он был вынужден совершать столь длинный и небезопасный путь, так как из-за наложенных на Ливию международных санкций авиасообщение с ней было невозможным.
Никто не взял на себя ответственность за ликвидацию Шкаки, однако «Палестинский Исламский Джихад» открыто обвинил агентов «Моссада» в убийстве своего лидера шейха Фатхи Шкаки. Израильская сторона заявила, что ей ничего не известно о происшедшем на Мальте, добавив, однако, что она не сильно огорчена смертью шейха Фатхи Шкаки.
После смерти шейха Фатхи Шкаки его преемником на посту лидера организации стал доктор Рамадан Абдалла Шалах, который провел последние годы во Флориде в США и переехал в Дамаск в начале 1996 года. У Шалаха не было ни той харизмы, ни интеллектуальных и организаторских способностей его предшественника, что почти сразу сказалось на активности организации и ее влиянии на палестинских территориях. Смерть шейха Фатхи Шкаки ослабила позиции «Палестинского Исламского Джихада», и другие террористические организации, включая ХАМАС, уже не считали его своим конкурентом. Тем не менее «Палестинский Исламский Джихад» продолжает проводить террористические акты на территории Израиля, хотя большую активность организация проявляет в Южном Ливане.