В феврале 1999 года борьба между группировками Примакова и Березовского резко обострилась. Началось с того, что Генеральный прокурор Скуратов вышел из-под контроля «семьи» и начал расследовать ее преступления (дело «Мабетекс» и т. д.). Чтобы убрать Скуратова, по телеканалу ОРТ показали известный порнографический фильм. Одновременно начались неприятности и у Березовского — 2 февраля был обыск в «Сибнефти», потом «людей Березовского» выгнали из правления «Аэрофлота». Скуратов не сдавался — Совет Федерации отказался дать санкцию на его отставку.
Апофеоз этой битвы наступил в апреле: 6 апреля был выписан ордер на арест Березовского и его ближайшего соратника Смоленского. Но Березовский был тогда за границей, а через пару недель постановление об аресте отменили. Окончательный перелом в пользу «семьи» наметился 27 апреля 1999 года: Степашин был назначен первым вице-премьером (вместо Густова), при этом сохранил пост руководителя МВД — это вообще уникальный случай.
Президент Ельцин 17 января 1999 года опять спрятался от греха подальше в больницу и не вылезал оттуда до весны (до 18 марта 1999 года). Казалось бы, Примакову оставалось только арестовать «семейных» олигархов — и все, на этом «антинародному режиму» Ельцина пришел бы конец! Причем сделать это было совсем нетрудно, учитывая, что генпрокурор Скуратов работал на московский клан. А когда президент Ельцин остался бы совсем один, без Абрамовичей и Березовских, с ним можно было бы сделать все, что угодно.
2 февраля 1999 года началась охота на «семейных» олигархов: прошли обыски в офисе «Сибнефти» и в других структурах империи Березовского, был разгромлен его подслушивающий центр (знаменитая фирма «Атолл»). Но московскому клану тогда так и не удалось посадить Бориса Березовского. Хотя уже и ордер на его арест был выписан Генеральной прокуратурой (6 апреля 1999 года) — но ничего из этого не вышло.
Причина этого поражения московского клана известна: у «семейных» олигархов вдруг отыскался мощный заступник — директор ФСБ Путин из чубайсовского клана. Когда «семейные» попытались в целях самообороны от Генпрокуратуры использовать известный компромат на генпрокурора Скуратова (все помнят порнофильм с его участием, который был показан по каналу ОРТ 17 марта 1999 года), Владимир Путин в этой истории однозначно встал на защиту морали и тем самым подыграл «семейному» клану.
Путин выступил по поводу похождений Скуратова по телевидению 7 апреля 1999 года — то есть на следующий день после того, как было выписано предписание на арест Березовского (интересное совпадение!). И заявил, что компрометирующая Скуратова видеозапись подлинная — генпрокурору лучше добровольно уйти в отставку.