Но, как известно, один в поле не воин, и самому гауптману Шпёте, несмотря на его высочайшую квалификацию, невозможно было справиться с освоением ракетоплана. Поэтому летом 1942 г. началось формирование «Испытательной команды 16» — Erprobungskommando 16 (EKdo 16), личный состав которой должен был отработать тактику боевого применения ракетных истребителей, а также исследовать особенности их эксплуатации. Первыми её пилотами стали обер-лейтенант Йозеф Пёс (Josef Pohs), обер-лейтенант Иоганнес Киль (Johannes Kiel), обер-лейтенант Герберт Лангер (Herbert Langer) и гауптман Антон Талер (Anton Tahler). Для тренировок использовались самолеты Ме 163А. Их освоение начиналось с полетов на буксире в безмоторном варианте — для освоения специфики поведения в воздухе самолета-бесхвостки и отработки посадки. После этого переходили к полетам с включением ЖРД. Первым новую машину освоил Й. Пёс, вскоре получивший досрочно звание гауптмана и ставший инструктором. Освоение шло без каких-либо проблем — сказывался большой опыт и высокая квалификация пилотов, отобранных в состав EKdo 16 (например, И. Киль имел к тому времени на своем счету 20 воздушных побед, а Й. Пёс — 43). Кульминацией освоения стал показ высоким чинам люфтваффе группового старта трех Ме 163А (ведущим был Шпёте, а ведомыми — Опиц и Пёс). Эта демонстрация показала, что «Комет» вполне может применяться в качестве боевого самолета и дала дополнительный аргумент для дальнейшего финансирования работ — а этот вопрос был особенно щекотливым в связи с затягиванием отработки ЖРД для Ме 163В.
В центре: бронированное лобовое стекло истребителя после испытаний стрельбой. Слева: посадочная лыжа на Ме 163B.
Тем же летом 1942 г. к испытаниям «Комет» подключилась известная летчица Ханна Рейч (Hanna Reitsch), имевшая значительный опыт полетов на планерах. Получив разрешение на полеты на Ме 163А в моторном варианте и Ме 163В — в безмоторном, она прошла наземный курс обучения и приступила к полетам, однако в составе EKdo 16 пробыла недолго. Во время одного из полетов, пилотируя Me 163B(V5), она попала в аварию, получив серьезные травмы. Согласно официальным рапортам, причиной аварии стало несовершенство конструкции шасси, точнее, механизма сброса двухколесной стартовой тележки, не отделившейся после взлета. Но по докладу Опица к аварии привела ошибка пилотки: когда тележку сбросить не удалось, Рейч, вместо того, чтобы набрать высоту и затем принимать решение, отцепила буксировочный трос и попыталась приземлиться на стартовую тележку. Но тележка от удара о ВПП отсоединилась, и Ме163В запрыгал по бетонной ВПП, словно камешек по водной глади. Амплитуда прыжков увеличивалась, и, в конце концов Рейч, не пристегнутую ремнями, попросту выбросило из кабины. Пробив головой остекление, она упала на землю на скорости около 70 км/ч, но осталась жива. Рейч сразу же отправили в госпиталь, где ей пришлось провести следующие полгода, перенеся, в частности, две пластические операции. В любом случае, эта авария заставила конструкторов усовершенствовать шасси. В частности, посадочная лыжа была снабжена амортизаторами, а конструкцию фиксаторов посадочной тележки и систему её сброса заметно изменили.