Хотя двигатель R II-211 все ещё не был готов, доводка Ме 163В продолжалась. В частности, зимой 1942/43 гг. конструкторы группы Липпиша совместно с пилотами из EKdo 16 работали над новой посадочной лыжей из стали. Также было введено управляемое хвостовое колесо, велась доработка посадочных щитков. Попутно решались проблемы с обеспечением прозрачности фонаря — этот дефект проявлялся не только на Ме 163, но и на других самолетах. Шлёте, попытавшись разобраться в причинах плохой прозрачности фонарей, пришел к выводу, что виноват несовершенный технологический процесс производства плексигласа на заводе «Коппершмидт унд Зонс» в Цолльхауз-Блумберге. Из-за этого в остеклении образовывались многочисленные пузыри. Проблема была настолько серьезной, что Шпёте в одном из своих рапортов отмечал: от её решения зависит судьба всего проекта Ме 163В! Потребовалось вмешательство самого Вилли Мессершмитта, чтобы заставить субподрядчика пересмотреть технологию. А всего-то пришлось уменьшить толщину фонаря с 8 до 6 мм — и прозрачность стала вполне удовлетворительной.
Вносились и предложения по более радикальной переработке проекта Ме 163В. Ввиду того, что самолет-бесхвостка имеет очень малый запас устойчивости, было предложено заменить киль вертикальным оперением Рудлицкого (типа «бабочка»). Липпиш совместно со Шпёте детально просчитали последствия таких изменений, и пришли к выводу, что перепроектирование оперения повлечет за собой полную переделку системы управления, усиление фюзеляжа, а значит — новое отставание по срокам. Поэтому усилия конструкторов сосредоточили на более насущных проблемах. Правда, Шпёте в одном из своих рапортов предложил в опытном порядке оборудовать один Ме 163В оперением Рудлицкого, но подрывать авторитет Липпиша, выступавшего против этого, не решились.
Помимо Me 163B(V2) двигатель R II-203b установили на ещё одном самолете — Me 163B(V8). Эта же машина получила и 20-мм пушки MG 151/20. Она рассматривалась в качестве образца для серийных Ме 163В, производство которых разворачивалось на заводе «Клемм» (правда, они должны были, наконец, получить ЖРД HWK 109509). Именно Me 163B(V8) послужил «фотомоделью» — его снимки вошли в первые инструкции по обслуживанию Ме 163В. Кроме того, появление второго моторного Ме 163В, пусть и не со штатным двигателем, позволило интенсифицировать испытательные полеты. Помимо летчиков ЕК 16 к ним привлекли двух гражданских летчиков-испытателей — Ганса Бойе (Hans Boye) и Бернарда Хоманна (Bernard Hohmann). Они, в частности, занимались калибровкой указателей числа Маха.