Выпускаемые заводом «Клемм» серийные самолеты Ме 163В-1 условно можно разделить на две производственные серии. Самолеты I серии отличались от Ме 163В-0 удлиненным фюзеляжем с другой хвостовой секцией (носовая секция выполнялась по технологии «Мессершмитта»), крылом т. н. «массовой продукции», другим составом радиооборудования (радиостанция FuG 16ZY вместо FuG 16Е, устройство опознавания «свой-чужой» FuG 25a,). Кроме того, доработке подверглась посадочная лыжа и механизм сброса взлетной тележки. Все самолеты получили двигатели HWK 109-509А-1. Самолетов I серии построили около 70. Вероятно, они получили серийные номера начиная со 191.
Истребители Ме 163В-1 II производственной серии полностью изготовлялись по технологии «массовой продукции» (как крыло, так и фюзеляж). Конструктивно они не отличались от машин I серии — различия были лишь технологическими. Выпущено порядка 300–330 самолетов II серии, получавших серийные номера начиная с 440.
Подготовка к серийному производству Ме 163В-1 на заводе «Клемм» началась в июне 1943 г., но первые машины были приняты люфтваффе только в марте следующего года. Параллельно с освоением выпуска Ме 163В-1 «Клемм» осуществлял сборку Ме 163В-0 из узлов, поставляемых «Мессершмиттом». Выпуск «Комет» был прекращен в конце декабря 1944 г. Причиной стала нехватка топлива для ЖРД Вальтера — все его запасы резервировались для перехватчиков Ва 349 «Наттер», развитие которых осуществлялось под контролем командования СС, обретшего в последние месяцы войны огромное влияние.
Ещё до боевого дебюта Ме 163В было очевидно, что поражение даже столь крупных целей, как «Летающие крепости» В-17, будет нелегкой задачей для пилотов ракетопланов. Из-за большой скорости сближения летчик Ме 163В располагал очень ограниченным временем для прицеливания и ведения огня. Испытания со стрельбой по конусу и буксируемым мишеням из дерева и полотна подтвердили результаты уже упоминавшихся нами теоретических расчётов: даже лучшие из существовавших в то время авиационных пушек были малопригодны для скоростных перехватчиков. Учитывая, что дальность прицельного огня MG 151/20 составляла 500 м, пилот Ме 163В располагал не более чем 4 секундами для ведения огня, поскольку уже с 200 м до цели приходилось отворачивать. За это время обе установленные на самолете пушки выпускали до половины боекомплекта. Учитывая скорость полета, радиус и время разворота «Комет» на большой высоте, было вполне очевидно, что повторный заход на ту же цель пилоту ракетного истребителя выполнить вряд ли удастся.