До апреля 1944 г. команда EKdo 16 занималась испытаниями Ме 163В-0, поступавших с завода «Мессершмитт». Пилоты, прошедшие к тому времени обучение, рвались в бой — большинство из них перешли в EKdo 16 как добровольцы, рассчитывая как можно быстрее вернуться к боевым вылетам. А вместо этого некоторые из них уже почти два года «мариновались» вдали от фронта! Но фронт сам пришел к ним — в марте 1944 г. во время налета вражеской авиации в Бад Цвишенане было уничтожено три Ме 163В (V8, V18 и V32).
В апреле 1944 г. Р. Олейник и О. Бёнер, наконец-то, получили приказ приступить к формированию первых двух отрядов ракетных истребителей и вместе с частью пилотов убыли из Бад Цвишенана на другие аэродромы. Оба к тому времени имели на своем счету по 6 ракетных полетов на Ме 163В, а Олейник вскоре после своего назначения угодил в госпиталь с травмой позвоночника, полученной вследствие жесткой посадки (сразу после взлета двигатель «Комета» остановился, и самолет, не успев набрать высоту, буквально плюхнулся на бетонку). После этого происшествия в мае-июне 1944 г. полеты на Ме 163В были запрещены до устранения причин остановки двигателей. Специалистам фирмы «Вальтер» удалось частично устранить эту проблему, и «Комет» вновь допустили к полетам. Тем не менее, в ходе эксплуатации продолжали отмечаться проблемы со стартовой тележкой, лыжей, посадочными щитками и другими узлами.
Летом 1944 г. в EKdo 16 проводились дальнейшие исследования с целью полностью исключить остановку двигателя при выравнивании самолета, а также испытывались различные нововведения, вносимые в конструкцию Ме 163В в ходе производства. В октябре 1944 г. команду EKdo 16 передислоцировали в Брандис.
Вопрос увеличения серийного выпуска Ме 163В оставался актуальным до середины 1944 г. В частности, в июне рассматривалась возможность налаживания производства фирмой «Юнкерс» с привлечением почти двух десятков субподрядчиков. Но в итоге эта фирма освоила производство только консолей крыла, поставлявшихся на сборку на фирму «Клемм». До января 1945 г. «Юнкерс» выпустил более 350 комплектов этих узлов.
Первые 70 «Комет» как в документах люфтваффе, так и в заводской документации именовались Ме 163В-0. При этом многие из них получили и номера «V», свидетельствовавшие об их статусе прототипов. 23 самолета, выпущенных «Мессершмиттом», использовались для испытаний и исследований, но некоторые из них впоследствии передали в боевые части. 47 Ме 163В-0 собрала фирма «Клемм». Эти машины были гораздо ближе к серийному стандарту Ме 163В-1, чем к самолетам выпуска «Мессершмитта». Начиная с 47-й машины Ме 163В-0 вместо 20-мм пушек устанавливались 30-мм МК 108. На серий Ме 163В-0 применялись двигатели HWK 109–509 различных вариантов: предсерийные HWK 109-509А-0 и серийные HWK 109-509А-1, а несколько машин получили такие двигатели в самом раннем исполнении, являвшиеся, по сути, прототипами.