Итогом боевого применения Ме 163В стали (по немецким данным) 16 сбитых вражеских самолетов (противник подтверждает лишь 9 из них).. Американские истребители сбили 6 «Комет», несколько больше стало жертвами бортстрелков бомбардировщиков. Значительно больше Ме 163 разбилось в ходе испытательных и учебных полетов (а также и боевых вылетов — но не от воздействия противника, а из-за технических проблем). Скажем, в одной лишь группе I/JG 400 с 22 мая 1944 г. по 20 января 1945 г. по небоевым причинам было потеряно 17 «Комет».
Стоит отметить, что планировалось вооружить Ме 163В части ВВС Итальянской социальной республики (ANR — Aeronautica Nazionale Repubblicana). 18 пилотов под командованием Джузеппе Ро-бете (Giuseppe Robete) проходили планерную подготовку в Шпроттау. Вероятно, они также совершали безмоторные полеты на Ме 163В, но к полетам с включением ЖРД приступить не успели.
Программу создания Ме 163 можно считать успехом германской инженерно-конструкторской мысли. Но с военной и экономической точки зрения она стала провальной. Значительные материальные и людские ресурсы, масса времени были затрачены на создание самолета, в конечном итоге оказавшегося неэффективным и неспособным оказать сколь-нибудь значительное влияние на ход боевых действий. Как ни парадоксально, но наибольшую пользу от германской программы ракетных истребителей получили противники Третьего рейха. Благодаря изучению результатов реализации этой программы конструкторы и военные США, Великобритании, СССР получили возможность избежать допущенных немцами просчетов. Естественно, все сказанное относится, прежде всего, к идее истребителя с ЖРД — в дальнейшем ни один самолет с такой силовой установкой не был доведен до серии. А вот опыт создания бесхвостки впоследствии активно использовался конструкторами разных стран.
Лейтенант Фридрих Кельб, из 2./JG 400, садится в кабину Me 163B. 10 апреля 1945 г., он сбил «Ланкастер» на окраине Лейпцига.
Обломки Me 163B V45 в Брандисе. Самолет, как полагают, сделал свой последний полет 8 апреля 1945 г., под управлением флайт-инженера Харальда Куна.
Германские работы в области реактивной авиации стали предметом пристальнейшего внимания иностранных разведок. Особую активность здесь проявляло Бюро авиатехнической разведки (Air Technical Intelligence — ATT) ВВС Армии США. 22 апреля 1945 г. в составе этого бюро сформировали специальную мобильную группу летчиков и инженеров, предназначенную для сбора немецких самолетов, документации и исследовательского оборудования. Операция проводилась под шифром «LUSTY» (Luftwaffe Secret Technology). Группа состояла из двух команд. Первая, возглавляемая полковником Гарольдом Е. Уотсоном (Harold E. Watson), разыскивала и собирала самолеты. Вторая занималась «охотой за умами», «рекрутируя» немецких конструкторов и пилотов испытателей, а также собирала документацию и изучала исследовательские учреждения. Обе группы насчитывали в общей сложности около 50 человек.