Вечером 7 июля 1906 года Столыпин был приглашен в Царское Село государем, который предложил ему пост премьер-министра. Коковцов впоследствии писал: "Столыпин передал нам, что он пытался было ссылаться на недостаточную опытность, на свое полное незнание Петербурга и его закулисных влияний, но Государь не дал ему развить своих доводов и сказал только: "Нет, Петр Аркадьевич, вот образ, перед которым я часто молюсь. Осените себя крестным знаменем и помолимся, чтобы Господь помог нам обоим в нашу трудную, быть может, историческую минуту". Государь тут же перекрестил Столыпина, обнял его, поцеловал и спросил только, на какой день всего лучше назначить роспуск Думы".
Заняв новый пост, Столыпин развил кипучую деятельность. Его цель заключалась в том, чтобы воплотить в жизнь вековую мечту крестьян владеть собственной землей. Но до тех пор, пока не прекратятся нападения террористов на местных чиновников и полицейских, задача оставалась невыполнимой. С целью восстановить закон и порядок были введены военно-полевые суды. Расправа с убийцами была короткой: через трое суток после ареста они уже болтались под перекладиной. К концу лета 600 террористов надели "столыпинский галстук", как окрестили в народе петлю палача. Однако число казненных было гораздо меньше числа их жертв: от бомб и пуль революционеров за это время пали 1600 губернаторов, генералов, солдат и жандармов.
Мишенью для террористов, ясное дело, стал и сам Столыпин. Спустя всего один месяц со дня его вступления в должность, субботним вечером на даче премьера на Аптекарском острове произошел взрыв. В минуту взрыва Столыпин сидел за письменным столом. Фасад дачи был наполовину разрушен, тридцать два человека из числа посетителей и прислуги были ранены и двадцать семь убиты. [(Как сообщалось в "Историческом журнале" (1911, X, с.121), трупы убитых оказались большей частью с оборванными частями тела, многие имели вид бесформенного мяса, без голов, рук и ног. (Цитир. по: "Убийство Столыпина". Сост. А.Серебренников. "Инфа", "Курсив", Рига, 1990, с.36).)] Маленький сын его был легко ранен на верхнем балконе, а дочери Наталье, оторвало пятку. Самого премьер-министра лишь обрызгало чернилами. "С дня, отделенного от покушения всего полутора сутками, наша деятельность по Совету Министров возобновилась, как будто ничего не случилось, вспоминал Коковцов. - Все мы были просто поражены спокойствием и самообладанием Столыпина".
Репрессивные меры правительства, ответом на которые явилось покушение на Аптекарском острове, были лишь суровой прелюдией реформ. И пока один за другим поднимались на эшафот террористы, председатель Совета Министров решал главные проблемы землеустройства страны. В 1906 году три четверти населения России добывали себе пропитание трудом на земле. С момента освобождения русских крестьян императором Александром II большинство их трудилось общинами, которым и принадлежала земля. Такая система была чрезвычайно неэффективной. Создавалась чересполосица, в результате которой крестьянину порой доставалось до пятидесяти крохотных участков, так что больше времени у него уходило на ходьбу от одной полоски до другой, чем на пахоту или косьбу. Введя принцип частной собственности на землю, Столыпин решил поломать эту нелепую систему. Согласно новому законодательству любой крестьянин был вправе выйти из общины, потребовав от нее выделения ему земельного надела, на котором он становился хозяином. Кроме того, надел должен был быть цельным, а не состоять из участков, разбросанных по разным местам, и передаваться по наследству.