К концу XV века Москва – центр огромного государства, объединившего русские княжества и ряд других земель. Белокаменная московская крепость к этому времени уже обветшала и не могла служить достаточной защитой для столицы. Именно в это время, в царствование Ивана III, Московский Кремль приобрёл, в общих чертах, свой современный вид. В 1485–1497 годах под руководством итальянца Аристотеля Фиораванти были возведены стены и башни из красного кирпича, были перестроены Успенский и Архангельский соборы, на карте Кремля появились великокняжеский дворец и колокольня Ивана Великого.
Несмотря на то, что московский Кремль стал, в основном, каменным, пожары продолжали терзать его. В 1547 году в огне погибли практически все деревянные постройки на территории Кремля и пострадали некоторые башни кремлёвской стены. Но на этот раз с реконструкцией власти не торопились. Иван Грозный избрал своей резиденцией Александровскую слободу, а его сын Фёдор, взошедший на престол после смерти Ивана, государственными делами интересовался мало. Кремлём занялись только при Борисе Годунове, который пытался подкрепить своё сомнительное право на Московскую державу внешней пышностью построек и церемоний. И хотя времени ему было отпущено мало, он всё же успел привести в порядок кремлёвские стены и надстроить колокольню Ивана Великого, которая стала самой высокой точкой Москвы. После смерти Годунова, в Смутное время, в Московском государстве надолго стало не до строительства. Лишь в середине XVII века в Кремле перестроили наиболее обветшавшие здания, построили Патриаршие палаты и церковь «Двенадцать апостолов». К концу века обновили Грановитую палату, реконструировали крепостные сооружения. Кремлёвские башни получили свои неповторимые украшения в виде островерхих шатров.
Начало XVIII века – новый сильный пожар. На месте сгоревших строений Пётр I распорядился построить здание Арсенала, реконструируются стены и башни. Но вскоре столица переезжает в Санкт-Петербург. Москва, а вместе с ней и Кремль, понемногу ветшает, погибшие в пожарах здания подолгу не восстанавливаются. Только в 1778 году по распоряжению Екатерины II М. Ф. Казаков возвёл в Кремле здание Сената. В 1806–1812 годах, уже при Александре I, строится здание, в котором несколько десятилетий находилась Оружейная палата.
В 1812 году, во время наполеоновского нашествия, были сильно повреждены несколько башен и звонница колокольни Ивана Великого. После победы над Наполеоном, на волне патриотического подъёма, Кремль был довольно быстро восстановлен. В 1821 году у стен Кремля был разбит прекрасный Александровский сад. В середине XIX столетия построили Большой Кремлёвский дворец и новое здание Оружейной палаты. Уже в советское время, в 1961 году, на месте нескольких служебных зданий и старой Оружейной палаты выросло здание Кремлёвского Дворца съездов, до сих пор вызывающее недоумение архитекторов.