Первоначально его отнесли к рангу броненосных корветов, но уже с 8 ноября 1866 г. “Князь Пожарский” стал официально именоваться броненосным фрегатом. 4 октября 1865 г. на корабль назначили первого командира капитан-лейтенанта В.Г. Басаргина, командовавшего им необычайно долго — до июля 1880 г.
Неизбежные в тот переходный период в развитии броненосного судостроения изменения и усовершенствования, вносившиеся в ходе постройки (одно лишь артиллерийское вооружение с соответствующей переделкой подкреплений, орудийных портов и погребов боеприпасов менялось несколько раз), задержали спуск на целый год. Изготовление старнпостов, форштевня и рулевой рамы пришлось возложить на Ижорский завод, так как частные заводы, в том числе Обуховский сталелитейный, не приняли на себя этой работы. Наряд на их изготовление выдали 1 мая. и завод предполагал, что окончит эту работу к ноябрю. Но этот расчет оказался ошибочным, и новый срок был определен не позднее мая 1866 г.
Рассматривались два способа усиления бронирования корабля: за счет утолщения самой брони до 152 мм или же, если изготовление броневых плит будет затруднительным. то на первые горизонтальные ряды тиковой подкладки положить железные дюймовые плиты с ребрами из углового железа в 8/3 и 3/8 д в расстоянии одно от другого на 1 ф.. а между ними тиковые брусья, а на тиковую подкладку класть уже броневые плиты прежней толщины (114 мм). Это было популярным тогда новшеством, рассчитанным на то. что снаряды, попадающие в такую композиционную конструкцию, будут терять свою энергию, как и при попадании в сплошную 152-мм броневую плиту. В конечном счете усиление бронирования решили провести по второму способу.
В процессе строительства добавили два кормовых якоря массой по 210 кг и боевую рубку массой 76 т. а так же усилили конструкцию железных трубчатых мачт. Все это повлекло за собой новые изменения в нагрузке и общем расположении корабля.
С учетом предстоящего крейсерского назначения фрегата вместо новых 229-мм орудий, изготовление которых задерживалось, установили восемь 203-мм в каземате и два 152-мм на поворотных платформах на носу и корме, позволявших вести непрерывный огонь при преследовании и отходе.
Перегрузка достигла 652 т., что заставило переделывать спецификацию (новая спецификация, учитывавшая все изменения, вносившиеся в ходе достройки, была составлена только к началу 1867 г.). Многочисленные переделки привели к тому, что спуск фрегата состоялся только 31 августа 1867 г., после чего корабль отвели в Кронштадт для обшивки броней и окончательной отделки.