Но и после своего вступления в строй в 1869 г.. “Князь Пожарский”, являвшийся фактически опытным кораблем, продолжали модернизировать. Так. в 1871 г. в соответствии с замечаниями начальника броненосной эскадры (в состав которой вошел корабль) адмирала Г.И. Бутакова на фрегате взамен уже отсутствовавшей боевой рубки установили над средним мостиком для защиты от ружейного огня в ближнем бою броневое прикрытие толщиной 50.8 мм.
Вполне естественно, что после многочисленных переделок перегруженный корабль во время своих пробных плаваний в Балтийском море в 1869, 1870 и 1871 гг., как указывалось в официальных отчетах, “не обнаружил хороших морских качеств”. В связи с этим в 1872 г. фрегат передали для испытаний под наблюдение адмирала А.А. Попова, ставшего к тому времени признанным авторитетом при создании броненосных крейсеров. А.А. Попов, проведя новые всесторонние испытания корабля. нашел, что недостатки фрегата заключаются не в чертежах и конструкции судна, а в неправильном размещении некоторых тяжестей и в несоответствии рангоута, и что. при небольших переделках корпуса.
"Пожарский” вполне может оказаться кораблем, пригодным для дальних походов. И действительно, выполненные по его указаниям переделки, изменения в дифферентировке и рангоуте сделали фрегат "хорошим морским боевым судном", способным действовать в океане.
Из отчета Кораблестроительного отделения Морского Технического комитета за 1865 г.
(О броне корветов “Пожарский" и “Минин")
На корветах “Пожарский” и "Минин" также признано необходимым утолстить предположенную проектом броню, дабы сделать ее более надежною для противодействия ударам снарядов из новейших сильных орудий. К удовлетворению этого требования представляется одно только средство - увеличение водоизмещения, но которого можно достигнуть прибавкою углубления. Если же для этой цели уменьшить поверхность брони, соответственно прибавке толщины ее, то потребовалось бы понизить палубы впереди и позади батарей, а это повредило бы вместительности трюма, который без того у этих мореходных судов до крайности тесен.
Палубы необходимо тогда делать уступами, чтобы порты оставить на высоте 7 ф. 6 д. от воды, в чем и теперь нет излишка, а при уступах утратилось бы продольное скрепление, которое без того уже не имеет лишней силы у этих длинных судов. Посему комитет полагал: на корвете “Пожарский", у которого исполненные работы уже не дозволяют переделок в устройстве основания под нижнюю грань брони, оставить прежнюю вышину брони, но допустить углубление на 6 дюймов больше предназначенного, чтобы утолстить хотя бы главные поясья брони, при грузовой ватерлинии. У корвета “Минин", которого постройка еще не была начата, увеличить углубление на 1 фут 2 дюйма и поднять уступ (основание) для брони, чтобы нижняя грань была 5 фут ниже воды, как теперь. Тогда углубление будет: у первого корвета - при форштевне 16 фут 10 дюймов, при ахтерштевне 21 фут 2 дюйма; а у последнего носовое 17 фут 6 дюйм., кормовое 21 фут 10 дюймов.