В сентябре 1941 года с Фишером встретился сотрудник органов госбезопасности и предложил ему вернуться в НКВД. Он был зачислен во вновь созданное подразделение, занимавшееся организацией боевых разведывательно-диверсионных групп и партизанских отрядов в тылу врага. Именно в этот период он сблизился с товарищем по работе Рудольфом Ивановичем Абелем.
Вскоре после окончания войны Вильям Генрихович вновь становится сотрудником внешней разведки органов госбезопасности и зачисляется в ее нелегальное подразделение.
Руководство внешней разведки приняло решение направить Марка (оперативный псевдоним Фишера) на самый ответственный участок работы — в США. В октябре 1948 года Марк выехал в командировку, которой суждено было продлиться 14 лет.
Так в Нью-Йорке появился свободный художник и фотограф Эмиль Роберт Голдфус, гражданин США, родившийся в семье немца-маляра и прибывший с Запада Америки в поисках лучшей жизни.
Марк очень быстро и уверенно вошел в местную среду. К концу мая 1949 года все организационные вопросы были решены, и он доложил о готовности приступить к выполнению разведывательных задач. Началась кропотливая работа по сбору интересующей Центр политической информации, созданию устойчивых нелегальных каналов связи с Москвой.
Условия конспирации до сих пор не позволяют раскрыть многие операции, в которых участвовал Марк. Однако о качестве его работы свидетельствует такой факт: уже в августе 1949 года за конкретные результаты он был награжден орденом Красного Знамени.
Для того чтобы разгрузить Марка, занятого выполнением большого объема текущей работы и многих специальных заданий, Центр в 1952 году направил ему в помощь нелегального радиста Р. Хейханена (оперативный псевдоним Вик).
К сожалению, Вик оказался слабым человеком. Его падение началось с обыкновенной рюмки спиртного. Пьянство повлекло за собой и моральную распущенность. В 1956 году Марк» поставил перед Центром вопрос о его отзыве. Приказ о возвращении в СССР Вик воспринял очень болезненно и пошел на предательство.
21 июня 1957 года Марк был арестован ФБР. При аресте он назвался именем своего друга и коллеги по работе в органах госбезопасности. Сейчас, по прошествии времени, можно с уверенностью сказать, что, выдав себя за Рудольфа Абеля, советский разведчик-нелегал тем самым сумел дать сигнал Центру, что в тюрьме оказался именно он. Во внешней разведке довольно быстро разобрались что к чему. Ведь о настоящем Абеле и о его дружбе с Фишером здесь хорошо знали.
После объявления приговора Марк сначала находился в одиночной камере следственной тюрьмы в Нью-Йорке, а затем был переведен в федеральную исправительную тюрьму в Атланте.