В октябре 1940 года Конон Молодый был призван в ряды Красной Армии. Весь период Великой Отечественной войны он находился в действующей армии, во фронтовой разведке. Принимал непосредственное участие в боевых действиях против немецко-фашистских войск. В должности помощника начальника штаба Отдельного разведывательного дивизиона лейтенант Молодый неоднократно ходил в тыл противника, брал «языков», добывал необходимые командованию сведения. Его ратные подвиги в военное время были отмечены высокими государственными наградами: орденами Отечественной войны 1-й и 2-й степени, Красной Звезды, медалями «За отвагу» и «За боевые заслуги», а также почетным нагрудным знаком солдатской доблести «Отличный разведчик».
После демобилизации из армии в августе 1946 года Молодый поступил на юридический факультет Московского института внешней торговли. Изучал китайский язык. Учился он легко. Сокурсники как-то сразу единодушно признали в нем вожака.
Генерал-лейтенант Виталий Павлов, который в начале 1950-х годов был руководителем англо-американского отдела нелегальной службы советской внешней разведки и изучал Молодого в качестве кандидата на работу в органы государственной безопасности, в своих мемуарах писал: «Тогда Конон Трофимович произвел сильное впечатление, надолго оставшееся в памяти. Он всегда стоял особняком как, в известной мере, образец идеального разведчика.
В молодые годы он успел пройти суровую школу Великой Отечественной войны. Характеризовался как отважный и смелый войсковой разведчик, неоднократно ходивший в тыл противника.
Когда он был еще студентом 3-го курса института, на него обратила внимание советская разведка. Изучение его личных и деловых качеств в течение двух лет только подтвердило соответствие его кандидатуры высоким требованиям, которые предъявляет к разведчикам работа в нелегальных условиях.
Парень вызывал большую симпатию своим оптимизмом, уверенностью. Он обладал явными выдающимися способностями к разведывательной деятельности».
Окончив институт в 1951 году, Молодый остался в нем преподавать китайский язык. Стал соавтором учебника китайского языка, по которому, кстати, до сих пор занимаются студенты языковых вузов. Помимо блестящего знания английского и китайского, он свободно говорил на французском и немецком языках.
В конце 1951 года Конон Молодый поступил на работу во внешнюю разведку органов госбезопасности и начал готовиться к нелегальной деятельности за рубежом. Он глубоко освоил теоретические основы разведывательной профессии и серьезно прочувствовал особенности предстоящей работы,