Расследование шло по плану, подготовленному Дзержинским. Продолжалось собирание и накопление, исследование и оценка вещественных доказательств. Председатель ВЧК на одном из рабочих совещаний по этому поводу высказался:
– Надо, товарищи, объективно отнестись к делу. В первую очередь отделить верхушку от рядовых участников организации. Установить конкретную степень участия каждого саботажника, – определить тяжесть вины. Выявить истинное политическое лицо и отношение к Советской власти.
По воспоминаниям многих чекистов, близко стоявших к Ф. Э. Дзержинскому, но по-разному относившихся к своему начальнику, все они в один голос заявляют, что он при допросах был корректен и строг к допрашиваемым, внимательно выслушивал арестованных, глубоко вникал в их душевное состояние и пытался ненавязчиво объяснить суть политики новых руководителей России. После таких разговоров «по душам» многие начинали понимать свои заблуждения, честно отвечали на задаваемые вопросы, пытались помочь следствию и искренне раскаивались.
Вот она, парадигма тактических приемов и традиций, закладываемых, не побоюсь этого слова, – самым честным человеком среди плеяды руководителей революции.
Надо сказать, что в адрес руководства ВЧК по поводу этого дела приходило множество писем о желании родственников увидеться с арестованными, просьб освободить их и взять на поруки, поручительств о недопущении ничего подобного с их стороны в будущем. Первыми членами коллегии ВЧК были Ф. Э. Дзержинский, С. Г. Уралов, Я. Х. Петерс, К. М. Волобуев, М. И. Васильев-Южин, В. И. Савинов, И. К. Ксенофонтов и Г. С. Мороз.
В ходе дальнейшего разбирательства ВЧК установила, что основная масса рядовых членов саботажного движения была вовлечена в противоправное действо обманным путем или по недомыслию.
Поэтому 1 марта 1918 года Комиссия освобождает всех арестованных, за исключением Кондратьева. С ним продолжает работать следственная бригада, но и он вскоре был освобожден. Дело «Союза союзов» было прекращено без суда и применения наказания. И это в то время, когда Страна Советов была на грани развала!
В это время в Комиссии проходил поиск оптимальных мер по борьбе с противниками нового строя. Велись дискуссии в отношении использования агентурного аппарата. 18 марта 1918 года Комиссия приняла постановление «О недопустимости пользоваться провокацией в работе ВЧК».
Один из руководителей ВЧК М. И. Лацис не раз подчеркивал, что борьба с политическими противниками поначалу велась в русле «…чисто идейного содействия советским элементам». Однако по мере нарастания классовой борьбы, гражданского противостояния, диверсионно-террористической и шпионской деятельности пришлось пересмотреть некоторые явно не реальные основы борьбы с тайным противником. За основу был взят принцип агентурного проникновения во вражескую среду. Ставка делалась на старые, как мир, методы – использование секретных сотрудников.