29 июля 1918 года в ВЧК при отделе по борьбе с контрреволюцией был создан военный подотдел. Позднее его реорганизовали в военный отдел, во главе которого стал Михаил Сергеевич Кедров.
В июле 1918 года архангельские чекисты задержали на побережье Белого моря двух иностранцев – англичанина Масспрата и серба Илича, которые были высажены с английского корабля с заданием определить пригодность Солозской бухты для высадки англо-французского десанта.
Консулы этих стран обратились к руководству тюрьмы с просьбой передать своим соотечественникам небольшую продовольственную посылку. В ней чекисты обнаружили в куске мыла записку такого содержания:
«Друзья! Мною приняты меры по освобождению вас из тюрьмы. Когда вы выйдете на свободу, в свою очередь помогите и мне… Я хочу служить в английских войсках».
В ходе проведения агентурно-оперативных мероприятий чекисты установили автора этой записки. Им оказался командир Архангельского краснознаменного полка Иванов, бывший царский офицер.
Вообще Особые отделы – это подразделения военной контрразведки, которые были органически слиты с личным составом Советской армии. Они были созданы 19 декабря 1918 года постановлением Бюро ЦК РКП(б), по которому фронтовые и армейские ЧК объединялись с органами Военного контроля, выполнявшими некоторое время функции военной контрразведки. На их основе был образован новый орган – Особый отдел ВЧК при СНК РСФСР. Первым начальником военной контрразведки был по совместительству Ф. Э. Дзержинский. Это потом бразды правления этого органа были переданы М. С. Кедрову, которого формально считают особистом № 1.
Михаил Сергеевич родился в 1878 году в Москве в семье нотариуса. Учился на юридическом факультете МГУ, в Демидовском юридическом лицее в Ярославле. Окончил медицинский факультет Бернского университета. В мае 1917 года он становится редактором газеты «Солдатская правда». Член Компартии с 1901 года.
С ноября того же года – заместитель наркома по военным делам, комиссар по демобилизации старой армии. В мае 1918 года его направляют на север страны – в Архангельск для борьбы с контрреволюционными выступлениями в качестве командующего Северо-Восточного участка «завесы». Организованная им оборона города была не до конца продуманна, а поэтому Архангельск быстро оккупировали англичане. Прошедшая затем, по указанию Кедрова, волна репрессий против местного населения положительного эффекта не принесла. По настоянию Ленина его отзывают в Москву и назначают в ноябре 1918 года начальником военного отделения Отдела по борьбе с контрреволюцией ВЧК, а через месяц он занимает уже должность начальника Военного отдела ВЧК. С 26 декабря 1918 года до августа 1919 года – начальник Управления Особого отдела ВЧК под общим руководством члена Реввоенсовета республики С. И. Аралова. В марте он на короткое время становится членом Коллегии ВЧК. Потом его направляют для работы в Вологду, а затем особоуполномоченным ВЧК на Южном и Западном фронтах. Награжден орденом Красного Знамени.