После Гражданской войны находился на разных административных должностях. В конце тридцатых годов ушел на пенсию. В 1939 году был арестован. В июле 1941 года оправдан Военной коллегией Верховного Суда СССР, но после вынесения оправдательного приговора был расстрелян по указанию Л. П. Берии. Реабилитирован посмертно. Расстрелян был и его сын Игорь.
В штабах, созданных при отрядах «завесы», никаких органов для борьбы с саботажниками и агентурой противника не было. Бонч-Бруевич бьет тревогу и отправляет свои соображения по этому поводу Ленину. Ответ был быстр. Уже 12 мая ВВС телефонограммой № 1492/р предписал военным руководителям на местах «срочно организовать отделения по борьбе со шпионством». В июне уже формируется центральный орган – отделение, в обязанности которого также входило оперативное обслуживание штаба ВВС. Оно состояло из 24 человек. Возглавил его начальник контрразведки 10-й армии Н. Н. Брандт.
30 мая при Оперативном отделе (Опероде) Наркомата по военным делам было создано отделение Военного контроля под руководством М. Г. Тракмана.
Таким образом, летом 1918 года в Вооруженных Силах Советской республики существовало три контрразведывательных подразделения:
– Регистрационная служба Всероссийского Главного штаба;
– Отделения по борьбе со шпионажем Высшего Военного совета;
– Отделение Военного контроля Оперода Народного комиссариата по военным делам.
Каждое подразделение ВКР варилось в собственном соку, решая контрразведывательные задачи по-своему.
Нужно отметить, что сразу после революции большая часть офицеров царской армии активно включилась в борьбу против советской власти. Один за другим вскрываются заговоры и агрессивные политические союзы. В это время органы ВЧК ликвидировали «Организацию борьбы с большевиками и отправки войск Каледину», «Союз реальной помощи», «Военную лигу», «Объединенную офицерскую организацию», «Все для Родины», «Белый крест», «Черную точку», «Сокольническую военную организацию», «Орден романовцев», «Союз георгиевских кавалеров» и другие. Около 50 тысяч офицеров пошли служить в Красную Армию, но некоторые «служили» не новой власти, а адептам монархии и зарубежным центрам через посольских представителей стран Антанты.
16 июля по решению СНК создается ЧК по борьбе с контрреволюцией на Чехословацком (Восточном) фронте во главе с М. И. Лацисом. Военным контрразведчикам вменяется в обязанность вести «строгий постоянный надзор» за «различными специалистами из непролетарских рядов», работавшими в штабах, в военных и гражданских учреждениях, связанных с армией.