Потом была война, заставшая Питовранова в Горьком. Там он вскоре возглавил областное управление НКВД. Затем на аналогичных должностях служил в Кировской и Куйбышевской областях.
Именно в это время он работал в тесном контакте с подразделениями военной контрразведки. В первую очередь по обезвреживанию тыла Красной Армии от вражеской агентуры.
Об этом периоде своей деятельности он честно напишет:
«За всю войну ни одного выходного дня. И почти ежедневно – острые, рискованные, часто головоломные, но требующие безотлагательного решения военно-чекистские задачи.
Диапазон наших обязанностей был чрезвычайно широким и многоплановым: подготовка и заброска в немецкие тылы диверсионно-разведывательных групп и борьба с вражескими диверсантами на нашей территории, контрразведывательное обеспечение бесперебойной работы оборонных предприятий и транспорта, выявление и ликвидация агентуры противника, забрасывавшейся в массовом порядке, борьба с бандитизмом, представлявшим в годы войны особую опасность.
Пришлось изрядно побродить и по Кировским, и по Вологодским лесам в поисках диверсионных баз и радиоцентров.
Свои операции на вражеской территории часто решали совместно с Пантелеймоном Пономаренко, начальником Центрального штаба партизанского движения, и непосредственно с партизанскими командирами Орловским, Ваупшасовым, Медведевым и другими. Довелось встречаться и с легендарным Кузнецовым – обер-лейтенантом Паулем Зибертом…»
Как-то при встрече с Андреем Кузьмичом Соловьевым автор поинтересовался у него, хорошо знавшего многие перипетии служебной деятельности Е. П. Питовранова, как он попал в сталинские фавориты, а потом вдруг оказался арестованным.
Соловьев рассказал, что впервые Сталин обратил внимание на молодого генерал-майора Питовранова в 1943 году. Дело в том, что в один из мрачных осенних дней нарком госбезопасности Всеволод Меркулов докладывал Верховному Главнокомандующему об одном ЧП. В США под воздействием вражеской пропаганды «союзников» попросил политическое убежище один из советских военпредов полковник Кравченко.
Сталин задал Меркулову вопрос:
– Почему наши граждане чаще поддаются шантажу? А может, потому, что оперативники «союзников» более качественно могут агитировать? Назовите факты обратного, когда ваши работники склонили какого-то высокопоставленного клерка изменить своей родине и попросить у нас убежище.
Меркулов стушевался, потому что у него в памяти за последнее время не было примеров подобных операций.
– Будем искать кандидатов, – виновато ответил он.
– Ищите, – с ухмылкой согласился Сталин и добавил: – Ладно, идите…