Второй раз в США он был в период с 1942 по 1945 год, возглавляя новую нелегальную резидентуру, жил под псевдонимами Билл Грейнке, Майкл Грин и Майкл Адамец. Ахмеров и его супруга в Америке отработали блестяще. Только за годы войны они переправили в СССР 25 тысяч пленок с секретными материалами. Они прекрасно разбирались в тонкостях внутриполитической обстановки в США.
«В Исхаке Абдуловиче я видел тот идеал разведчика, которому стремился подражать. Это был человек, – напишет со временем его младший коллега и друг генерал-лейтенант В. Г. Павлов, – с колоссальной трудоспособностью и неиссякаемой энергией. Удивляла его упрямая настойчивость в достижении поставленной цели. И огромная сила воли. Не скрою, даже знавшим его достаточно хорошо казалось, что он несколько суховат, чрезмерно сдержан, не только неразговорчив – молчалив. Но, как я убедился, это происходило от его великой скромности. Он никогда не выпячивал своих заслуг, а они были огромны…
В начале 1940 года, когда состоялось наше знакомство, передо мной предстал сорокалетний худощавый, подтянутый мужчина в строгом, безупречно выглаженном костюме. По своему внешнему виду он напоминал дипломата. С этим образом хорошо гармонировали негромкий, спокойный голос и размеренная, чуть запинающаяся, но абсолютно правильная речь что на русском, что на английском языках.
По-английски он говорил, кстати, с явным американским акцентом».
Итак, после 12-летнего пребывания за рубежом на нелегальной работе в 1 945 году возвратился на Родину и был назначен заместителем начальника отдела нелегальной разведки. Выполняя поручения руководства разведки, выезжал в краткосрочные командировки в различные страны. Проводил операции по восстановлению утраченной связи с агентами-нелегалами. Выполнял другие ответственные задания по линии внешней разведки.
Умер И. А. Ахмеров в 1975 году.
Открытие мемориальной доски в честь 110-летия со дня рождения легендарного советского разведчика состоялось 7 апреля 2011 года.
Кроме русского Ахмеров прекрасно владел татарским, турецким, английским и французским языками. За выполнение специальных заданий по линии нелегальной разведки полковник Ахмеров награжден двумя орденами Красного Знамени, орденом «Знак Почета» и многими медалями. Ему также было присвоено высокое звание «Почетный сотрудник Госбезопасности СССР».
Говоря о разведчиках подобного масштаба, хочется заметить, что Кремль не особенно привечал их во все времена. Что касается отношения Сталина к разведке и разведчикам, то об этой стороне деятельности вождя еще мало написано.