После того как убрали Ежова, быстро набирал силу Лаврентий Берия. Присланный в Киев его протеже, лейтенант госбезопасности Кобулов, «наводит порядок» и разоблачает «антисоветский заговор в НКВД УССР во главе с наркомом Успенским». Но и в дальнейшем репрессии на Украине имели место, в частности, в отношении военнопленных и интернированных польских граждан, некоторых слоев населения областей Западной Украины, вошедших перед войной в состав СССР.
О Берии написано множество исследований, в которых он предстает, с одной стороны, деспотом, жестким и покорным исполнителем репрессивной политики Сталина, а с другой — талантливым организатором атомного проекта, который пытался предстать демократическим реформатором. Некоторые историки исходят из того, что Берия виноват в проводимых репрессиях (он был заместителем Ежова), но не более чем остальные высшие партийные руководители — от Молотова, Маленкова до Хрущева.
25 ноября 1938 года Берия был назначен наркомом и начал опять-таки с чистки личного состава внутренних дел. В 1939 году из органов НКВД были уволены более семи тысяч сотрудников, каждый пятый действующий оперативный работник. С приходом в органы НКВД Берии была осуществлена операция по отмыванию политического руководства страны в причастности к террору 1937 года. Начались фабрикация кампании по «заговору в органах НКВД», физическая ликвидация многих сотрудников всех рангов, включая Ежова, по обвинению в измене Родине, шпионаже и, как бы между прочим, в проведении незаконных репрессий в целях дискредитации советской власти. Государственная власть стала списывать на «вражеское» руководство НКВД прежние грехи в проведении репрессивной политики. Берия предал суду многих сотрудников, обновил чекистский аппарат за счет приема на оперативную работу сотрудников из партийно-комсомольского актива. Изменился национальный состав руководящих работников: исчезли поляки, латыши, немцы, резко сократилось число оперативных сотрудников еврейской национальности и выходцев из непролетарских семей.
В ноябре 1938 года ЦК партии была осуждена политика массовых репрессий. Основная вина за них в партийных документах возлагалась на сотрудников НКВД и прокуратуры СССР как на главных исполнителей карательных акций.
10 января 1939 года Сталиным была подписана телеграмма о том, что применение физического воздействия при допросах политических заключенных допущено в практику НКВД в 1937 году с разрешения ЦК. Вместе с тем ЦК ВКП(б) считает, что физическое воздействие должно обязательно применяться и впредь, в виде исключения, в отношении явных и неразо-ружившихся врагов народа, как «совершенно правильный и целесообразный метод». Какими являлись разрешенные ЦК меры физического воздействия, можно только догадываться со слов генерального прокурора СССР Руденко. Он как-то сказал, что не хочет расшифровывать допускаемые формы пыток, чтобы не унижать достоинство тех лиц, к которым они применялись. Если исходить из этого, то можно понять, почему композитор Д. Шостакович потерял сознание, когда прочел предсмертное письмо Мейерхольда с описанием применяемых к нему мер воздействия.